生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard

下游比对数据的统计工具 picard

Picard是一组命令行工具，用于处理高通量排序数据和格式，如sam/ bam/ cran和vcf文件。

安装

在Linux系统目录下执行以下命令下载软件

wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/2.25.5/picard.jar

Picard 官网

http://broadinstitute.github.io/picard/

运行

软件依赖于java环境，可通过以下命令查看Java是否安装及版本

java -version

在软件下载的目录下执行以下命令运行软件，出现下方表示软件安装成功

java -jar picard.jar

使用示例

插入片段分布统计工具CollectInsertSizeMetrics

通过检测双端序列在参考基因组上的起止位置，可以得到样品DNA打断后得到的测序片段的实际大小，即插入片段大小(Insert Size)，它是信息分析时的一个重要参数。插入片段大小的分布一般符合正态分布，且只有一个单峰，Insert Size分布图可以展示各个样品的插入片段的长度分布情况。

java -jar picard.jar CollectInsertSizeMetrics \
        I=sorted.mkdup.bam \   # 比对后取出pcr重复后的bam文件
        O=insert_size_metrics.txt \   # 输出txt文件
        H=insert_size_histogram.pdf \ls   # 输出含统计图的Pdf文件
        M = 0.5

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