生信与遗传解读
生信与遗传解读

生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计

使用bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP变异位点数量统计

软件安装

1. conda 安装

conda install bedtools -y

2. 源码安装

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.28.0/bedtools-2.28.0.tar.gz
tar -zxvf bedtools-2.28.0.tar.gz
cd bedtools2
make

1. 准备染色体大小文件

# 安装python库
pip install pyfaidx

# 使用faidx获取hg19参考基因组序列每条染色体的大小
f

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