VMD扩展molUP安装与高斯接口使用

    molUP是一个VMD扩展，提供了一个简单的方式来加载和保存高斯文件，并分析相关的结果。

    molUP为VMD提供了一个图形界面，用户可以加载和保存高斯文件格式的化学结构。这个扩展包括一组工具来设置高斯支持的任何计算，包括ONIOM通过互动图分析能量；生动的振动频率；画出与这些频率相关的向量；修改键、角和二面体；并收集关于所用方法的文献信息。

主要特点:

加载高斯输入(.com)和输出文件(.log)上的VMD；

    分配ONIOM层(High-, Medium-, and Low-level)；

    在几何优化期间选择自由和固定原子(冻结状态Freeze status)；

    分析和编辑原子电荷；

    使用高斯输入部分设置新的高斯计算；

    跨反应坐标进行负载扫描，并绘制结构能量图；

    加载高斯频率计算，动画振动模式，并显示各自的向量；

    展示快速有用的表示法，例如蛋白质、不同的离子层和固定的原子；

    结构操控:调整键长、角度幅度、二面角扭转；

    根据计算中采用的方法和功能类型，提供完整的参考书目列表；

    添加新的原子和分子碎片；

    移除新原子；

    除其他外。

软件官网:

https://biosim.pt/molup/

源代码:

https://github.com/BioSIM-Research-Group/molUP

联系作者:[email protected]

引用：

S. Fernandes, H., M.J. Ramos, and N. M. F. S. A. Cerqueira, molUP: A VMD plugin to handle QM and ONIOM calculations using the gaussian software. Journal of Computational Chemistry DOI：http://doi.org/10.1002/jcc.25189

安装最低要求

    操作系统:macOS、Linux和Windows

    可视化分子动力学(VMD) 1.9.3或更高版本

自动安装

可以通过vmdStore快速安装molUP.

vmdStore:

https://github.com/BioSIM-Research-Group/vmdStore

https://sourceforge.net/projects/vmdstore/

手动安装

手动安装molUP:

下载软件包。

    将molUP目录复制到计算机上的某个位置。

    复制“install.txt”文件中的文本并粘贴到环境变量文件：.vmdrc文件(macOS和Linux)或vmd.rc文件(Windows)。

    (该文件位于主目录中)

   将字符串“$::vmdStorePath/plugins/molUP”替换为molUP文件安装位置。

    保存.vmdrc或vmd.rc文件。

    重启VMD。

(可选)从bash运行molUP

    molUP现在支持直接从命令行加载高斯文件(适用于macOS和Linux)。

教程:

    将下面一行添加到的.bashrc (Linux)或者.bash_profile (macOS)文件。

(该文件位于主目录中)

    编辑"path of the bashScript.tcl file"字段，该字段要写成位于molUP文件安装位置中文件“molUP/lib/bashScript.tcl”的路径:

alias molUP='vmd -e "path of the bashScript.tcl file" -args'

从命令行调用molUP:

    使用标准程序打开高斯文件:

molUP "Gaussian file"

打开高斯输出文件，读取所有可用的结构:

molUP "Gaussian file" -all

本公众号不定期发布有关DFT计算相关内容，主题多变且不固定。

欢迎分享本公众号推送，将教程与经验传播给需要的人。

如对教程内容有疑问，或者有需要咨询，可后台留言