Linux中普通用户对Java JDK的配置

最近分析用到GATK HaplotypeCaller，在进行VQSR（变异检测质控和过滤）的时候，出现报错，如下：

GATK运行报错

现将解决方法记录分享一下~
首先我对报错信息进行了谷歌，看了一堆网页以及报错信息之后迷迷糊糊觉得应该是因为Java版本和GenomeAnalysisTK版本不兼容，于是我尝试升级我们服务器上现有的Java，我首先试着直接用wget命令来Install JAVA，但是被告知no root权限，（sorry, 忘记截图了），
然后我就按照以下方法成功在没有root权限的情况下重新配置了服务器的JAVA：

1. 下载 jdk-8u211-linux-x64.tar.gz

下载地址：https://www.oracle.com/technetwork/cn/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151-zhs.html
这里要着重强调一点：GenomeAnalysisTK-3.6.0版本需要和Java 8一起，Java 7 (即jdk 1.7不行！！)

2. 解压 jdk-8u211-linux-x64.tar.gz

这里的话首先你需要把这个压缩包文件上传到服务器，直接在你自己想要（比如平时统一放软件的文件夹）的文件夹下就可以了，然后在当前路径进行解压，命令如下：
tar -zxvf jdk-7u80-linux-x64.tar.gz

3. 修改当前用户目录下的 .bash_profile 文件

(1) 首先，通过指令 cd ~ 进入到当前用户所在的文件夹下。
(2) 然后，通过指令 vi .bash_profile 用vim编辑器打开 .bash_profile文件，进入后，按键盘上的【A】键或【i】键进入vim编辑器的编辑状态，在文件最尾部加入JDK环境变量的配置，如下所示：

export JAVA_HOME=/home/openam_jxdoe/jdk1.7.0_80
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar
export JRE_HOME=$JAVA_HOME/jre

其中，PATH和CLASSPATH后面的值不需要改变，读者只需要修改JAVA_HOME后面的值即可，用你的Java JDK解压安装的位置（就是你上面放软件的位置）代替 /home/openam_jxdoe/jdk1.7.0_80 即可。
(3) 修改完后，按键盘上的【Esc】键退出vim编辑器的编辑状态，然后键盘输入指令 ：wq 保存并退出vim编辑器。
(4) 最后，通过指令 source .bash_profile 使Linux应用你刚配置好的 .bash_profile 文件，Java JDK 在Linux上便配置好了。
(5) 通过命令 java -version 查看你目前的版本
更新之后的版本需要重开窗口才可以是新的版本，即在更改java版本之前开的linux窗口下去跑GATK，还是会报错，需要你重新连接一下。

OK，以上就是我这个小菜鸟学生信的笔记惹~

参考：

1. https://blog.csdn.net/MOONCOM/article/details/52683409
2. https://verytiny.iteye.com/blog/2425081