安装SingleR之前,先看看它的数据库里有没有你要的细胞

singleR这个R包,还有它配套的celldex数据库,安装真的好麻烦啊

为了安装它,把我的的R升到了最新版,结果更新又很麻烦……

好不容易安上了这个包,发现自动注释出来的结果跟我聚类出来的图一对比,不能说是一模一样吧,只能说是毫不相关。

最后翻到了celldex数据库里七个参考数据集的具体内容,在这里:

https://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/vignettes/celldex/inst/doc/userguide.html

发现数据集里面根本就不包含我们感兴趣的细胞类型,摊手。

你可能感兴趣的:(安装SingleR之前,先看看它的数据库里有没有你要的细胞)