2区6.9分单基因单肿瘤生信文章，有组织就可以为所欲为

写基金做实验发文章完全没有思路，没有目标基因怎么办？小编在这一年多的时间里积累了丰富的筛选基因的经验。如果有需要筛选基因发文章或者做实验写基金的，不管是促癌基因还是抑癌基因，研究多的基因还是研究较少的基因等等，提出你的条件，小编或许可以帮你筛选到心仪的基因。

小编最近筛选到一些结果比较好的基因，需要做深入分析的欢迎交流喔。

影响因子：6.968

研究背景：大多数胃癌患者因缺乏早期特异性症状而在晚期才被诊断，导致预后较差。对于这些晚期患者，标准的胃切除术联合5-呋尿嘧啶(5-FU)辅助化疗(ACT)方案通常是首选选择。然而，耐药性和毒副作用限制了ACT的临床应用。因此，如何早期识别胃癌将有益于ACT的患者，并为那些对化疗无效的患者探索新的药物靶点。 CD47已被确定为一种先天免疫检查点，并被发现与各种类型癌症的低生存率相关。然而，CD47在胃癌中的关键作用及其与肿瘤相关巨噬细胞的关系尚不清楚。

研究结果：

一、CD47的表达提示胃癌患者的临床预后较差

1、通过研究胃癌中CD47的表达与临床病理变量的关系（表1），以及胃癌组织中CD47的表达发现，CD47的表达与肿瘤分期的增加相关，提示CD47可能参与了胃癌的肿瘤进展。

2、比较CD47低表达和CD47高表达患者的总生存期(OS)发现，CD47高表达组患者的OS明显较差(下图A)。

3、利用单因素和多变量Cox分析，以确定CD47是否可以作为生存结果的潜在独立预后因素。分析内容包括年龄、性别、肿瘤位置、Lauren分类、肿瘤大小、肿瘤分级、TNM分期和CD47的表达情况。结果显示，CD47的表达是OS恶化的独立预后因子（下图B)。

综上所述，CD47的表达与胃癌患者较差的OS相关

二、CD47表达在II/III期胃癌患者中产生的ACT反应较差

1、以氟尿嘧啶为基础的ACT治疗与II/III期胃癌患者更好的OS相关（下图A）。

2、为了评价CD47表达对ACT的预测价值，研究者比较了不同CD47表达组中应用ACT分层的患者预后。结果显示，在CD47低水平组中，ACT可导致更好的OS(下图B)。然而，在CD47高表达组的差异无统计学意义(图2c)。

3、相关性分析表明，ACT对CD47低表达患者的益处优于CD47高表达患者（下图D）。因此，这些结果提示CD47的表达可能识别II/III期胃癌患者。

三、CD47的表达与胃癌患者巨噬细胞活化相关

1、作者发现CD47的表达与CD11c的表达高度相关。而CD11c代表了M1极化的巨噬细胞活化水平(下图A)。

2、使用cibersort计算不同CD47表达组中M0、M1和M2极化的巨噬细胞相对比例。如图B所示，GSE62254、GSE84437和TCGA 中CD47mRNA水平高亚组中M1极化巨噬细胞比例高（下图B)。

3、之前的研究表明，M1极化巨噬细胞的增加表明胃癌的预后较好。为了探讨CD47表达对胃癌M1极化巨噬细胞预后价值的影响，我们比较了不同CD47表达组中CD11c表达分层患者的OS。与之前的研究一致，高CD11c表达通常是更好的OS的预后因子(下图C)。并且，CD47低水平患者从CD11c丰度中获得了更多显著的生存获益(下图C）。然而，CD11c的高表达并不能提高CD47高表达患者的生存率。提示CD47降低了胃癌M1极化巨噬细胞对患者的预后价值(下图C)。

四、CD47的表达与胃癌患者的基因组特征相关

1、研究中发现GSE62254中CD47mRNA的表达在4个分子亚型中存在差异，并且在MSI亚型中高度积累(下图A)。

2、CD47高表达的肿瘤显示MSIUP特征评分升高(下图B)，证实了CD47mRNA在胃癌MSI亚型中高表达。然而，在CD47低表达和CD47高表达肿瘤之间EMTUP、EMTDOWN或P53的表达无统计学差异(下图B)。

3、此外，对胃癌关键基因突变和治疗靶点相关特征进行分析。结果显示，ARID1A基因突变在CD47高表达肿瘤中富集，这与MSI亚型的特征一致(下图C)。

4、CD47高表达的肿瘤显示FGFR2评分升高，这表明FGFR2信号在这些肿瘤中被激活(下图D)。

综上所述，CD47mRNA在胃癌MSI亚型中表达升高，并与ARID1A突变和FGFR2信号通路激活相关。

总结：这篇文章利用GSE62254、GSE84437和TCGA数据集，使用免疫组化检测胃癌组织中CD47、CD11c、CD163和CD68的表达，采用Kaplan-Meier曲线和Cox模型比较不同亚组患者的临床结局，表明CD47高表达是胃癌预后不良和ACT耐药的独立预后因子。进一步的分析显示，CD47可能会减弱M1极化的巨噬细胞预后价值。此外，作者还发现CD47mRNA水平在胃癌MSI亚型中最高，并与ARID1A突变和FGFR2信号通路的激活相关。因此，CD47可以作为预后和辅助化疗的预测因子，也可以作为单一治疗和联合治疗的临床靶点。