使用PtR作图

刘小泽写于19.2.16
今天内容比较简单，易上手：看看如何作图评价定量结果

使用Trinity组装转录本，并定量后，有了基因或者转录本的表达量矩阵，先不用着急去做差异分析，可以先检查下数据，例如：组内生物学重复间相关性是不是高于组间重复，计算基因间的相关性，样本热图、基因热图、PCA分析

其实有了表达矩阵，自己用代码做也是可以的，PtR这个程序就是使用更方便而已

• 生物学重复之间比较

  $TRINITY_HOME/Analysis/DifferentialExpression/PtR \
   -m Trinity_trans.counts.matrix -s samples.txt \
   --log2 --compare_replicates 
  

  结果每个组生成一个pdf文件，每个pdf文件中有四张图片

  第一张：Counts of reads mapping to transcripts

  第二张：Pairwise scatter plot of log2(read counts) per transcript

  第三张：Pairwise MA plots

  第四张：Pearson correlation between log2(replicate counts)

• 比较所有样本中各个重复的相关性，就是进行聚类分析

  $TRINITY_HOME/Analysis/DifferentialExpression/PtR \
        -m Trinity_trans.counts.matrix -s samples.txt \
        --log2 --sample_cor_matrix
  

  结果生成：Trinity_trans.counts.matrix.log2.sample_cor_matrix.pdf

• PCA

  $TRINITY_HOME/Analysis/DifferentialExpression/PtR\
         -m Trinity_trans.counts.matrix -s samples.txt\
         --log2 --CPM --prin_comp 3
  

  着重看下重复是不是按照样本聚在一起，如果看到按照测序时间或其他因素聚在一起，那么就可能存在批次效应，应该进行去除