10X空间转录组之组织区域临近通讯实现方法

作者，追风少年i

周五了，我就不整那些难以理解的了，给大家分享一个简易的空间转录组通讯的分析的方法，其实原理跟下面的一样，但是具体的细节我们要探讨一下。

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首先第一步，识别inferface

这个界面可以是大家空间聚类后的cluster_cluster界面，但最好的人工识别的组织界面，比如肿瘤组织的间质肿瘤的界面，界面两端临近的spot纳入后续的通讯分析，如下图：

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第二步，近邻spot的划分。The minimum distance of each stroma spot to the tumor and the minimum distance of each tumor spot to the stroma were equal to the minimum distance between the ST spots; that is, 200 μm。以10X为例，spot的直径为55um，spot中心之间的距离是100um，那也就是界面的3层spot纳入后续的分析。

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空间区域注释

当然了，我们最好划分的再精细一点，对肿瘤和间质的异质性做一个深入的分析

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推断临近通讯

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方法算法

为了鉴定配体在基质上和受体在肿瘤上的配体-受体对，鉴定了在超过 10% 的基质spot中出现的差异表达配体（p < 0.05，平均 log_e 倍数变化 > 0.25）通过将界面附近的基质spot的配体基因表达与所有其他基质spot（包括其他区域中的spot）进行比较，并确定发生在更多区域的差异表达受体（p < 0.05，平均log_echange > 0）。通过将交界处附近的肿瘤点的受体基因表达与所有其他肿瘤spot（包括其他区域中的点）进行比较，可以发现交界处附近的肿瘤spot超过 10%。使用类似的方法来识别配体-受体对，其中配体位于肿瘤上，受体位于基质上。分别在 STS 和 LTS 样品的基质-肿瘤界面上鉴定出 84 和 50 个不同的配体_受体对。

结果展示

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