Day7 测序基础

测序原理及分类

测序.png

测序对象

测序对象.png

测序文件格式 详细参见美格生物

Fastaq及Fasta
Genbank格式
EMBL格式

常用格式工具：

1.Fastq文件→Fasta文件
1.1 Linux命令:

法1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
法2：seqtk seq -A input.fastq  > output.fasta

1.2 FASTX-Toolkit
一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序，里面包含了丰富的Fasta/Fastq文件格式转换、统计等命令。

2.EMBL → Fasta格式转换（在线工具）
3.ucsc测序文件格式解析链接