sNMF&cross-entropy&K

0.简单介绍

稀疏非负矩阵（sNMF）和最小二乘优化来产生祖先比例估计数的祖先推断算法，这个算法呢与admixture来说差别不是很大，但是优点就是快，运算速度可以快到10-30倍左右。

1.安装

这一步不必多说，下载完成后直接./install.commd即可，但是这个软件依赖gcc环境，因为是C语言开发的嘛，理所当然咯。

2.Create a data set with masked data In the main directory

./bin/createDataSet -x sheep.geno

创建好的默认屏蔽数据集是以默认5%，作为条件的。

3.sNMF计算

./bin/sNMF -x sheep_I.geno -K 5

4.交叉熵的计算

./bin/crossEntropy -x sheep.geno -K 5

接下来呢就是所对应的交叉熵K值

./bin/sNMF -x genotype_file.geno -K K -c

没错，这样就选择了。。。。
如果一堆参数没看懂，还是强烈推荐去看看官网文档，这个才是解决问题的唯一途径。

5.K值的选择以及绘图

我给出的是官网推荐的代码

##代码可以根据自己的数据自行修改
for K in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
do
echo K=$K; ./sNMF -x new_F.geno -K $K -c > new_F.$K.log
done
##输出各K值的交叉熵
grep "Cross-Entropy (masked data):" new_F.*.log

6.作图