【文献速度】综述-空间组学分析:平台、应用及分析工具

基因组测序、蛋白质组学等分子图谱技术已经改变了生物医学研究，但这些技术大多需要组织分离，导致组织形态和空间信息的丢失。空间分子图谱技术的最新发展使得细胞能够在保持其空间和形态完整的情况下进行全面的分子表征。分子图谱数据生成细胞的遗传、转录和蛋白质组事件的深层特征，而组织图像捕获细胞的空间位置、组织和相互作用及其形态特征。这些数据，连同细胞和组织成像数据，为研究组织异质性和细胞空间组织提供了前所未有的机会。这篇综述的目的是提供这些空间分子图谱技术的最新发展概况和相应的计算方法发展来分析这些数据。

面向成像和序列的空间分子分析技术的工作流程概述。由于每一种方法在技术细节上有所不同，图只打算给出一个演示的想法。(A)组织切片。(B)杂化阶段。蛋白质或rna与金属偶联抗体或荧光探针杂交。(C)量化阶段。金属同位素或荧光序列被定量读出MS或显微镜。(D)条码技术阶段。RNA分子被条形码表面探针捕获。(E)测序的阶段。合成了cDNA文库并进行了测序。(F)将空间转录数据可视化为热图。

空间转录数据的应用综述。(A)鉴定SV基因。(B)将SV基因聚类成模式。(C)空间细胞细胞相互作用分析。(D)将图像数据与空间转录数据集成，用于下游功能分析。