生信笔记01：Locus tag转换为Entrez Gene ID

最近在做KEGG富集时遇到一个问题：phytozome上的数据采用的注释为Locus tag，但是kobas3.0并不支持这一类型，如此需要进行转换。如果是常见的模式物种还好，在bioconductor中很多包和一些网站上都提供了转化，这里不赘述，需要的自行查找，或者直接看下文代码。

于是，就想到编写一个爬虫对数据进行转换，需要环境为python，并安装requests库，没有该库的用pip进行安装。首先需要将Locus tag转换为对应的NCBI地址，格式为https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=Locus tag，如赤桉的ICE1的Locus tag为EUGRSUZ_G01938，那么对应的地址就是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=EUGRSUZ_G01938。这个用Excel就可以实现，公式为=“https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=”&A2,其中A2为存储Locus tag栏。

在爬虫运行目录提供用于存储地址的gene_url.txt，运行如下Python爬虫代码：

import requests

from requests.adapters import HTTPAdapter

s = requests.Session()

s.mount('http://', HTTPAdapter(max_retries=3))

s.mount('https://', HTTPAdapter(max_retries=3))

f = open("./gene_url.txt")

t = open("./gene_id.txt", 'w')

ids = ""

line = f.readline()

while line:

    temp1 = line.strip('\n')

    try:

        response = requests.get(url=temp1)

        start = response.text.find("Gene ID: ")#替换此处查找的文本可以实现Gene symbol、Gene type等转换

        end = response.text.find(", updated on")

        if start != -1 & end != -1:

            gid = response.text[start + 9:end]

            print(gid)

            ids += gid + '\n'

    except requests.exceptions.RequestException as e:

        print(e)

    line = f.readline()

t.write(ids)

f.close()

t.close()

最后转换好的gene id就会在当前目录下的gene_id.txt找到。

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