TCGA基因表达文件提取免疫相关基因

通过该网站获取免疫相关基因：https://www.immport.org/

Resources-Gene lists-Gene Summary下载该表，并转化为excel，只复制基因名称粘贴到新建txt文件中。

新建txt.png

输入文件

![(TM6]JO5PCDB1IH0PW{0T)J.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/25702203-10434dd33fc4d2f9.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
symbol.txt为ID转化后TCGA基因表达文件
![0A9CNLF}SHY()0N]6N694{X.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/25702203-830ca2818a8cae93.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)

library(limma)            #引用包
expFile="symbol.txt"      #表达输入文件
geneFile="gene.txt"       #基因列表文件
setwd("D:\\biowolf\\irlncRNA\\08.irGene")    #设置工作目录

#读取输入文件，并对数据进行处理
rt=read.table(expFile, header=T, sep="\t", check.names=F)
#如果有的基因有多行，将该基因取均值，保留一行
rt=as.matrix(rt)
rownames(rt)=rt[,1]
exp=rt[,2:ncol(rt)]
dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
data=avereps(data)
#如果有基因在所有样品里表达量都为零，将删除该基因
data=data[rowMeans(data)>0,]

#获取免疫基因表达量
gene=read.table(geneFile, header=F, check.names=F, sep="\t")
sameGene=intersect(as.vector(gene[,1]), rownames(data))
geneExp=data[sameGene,]

#输出结果
out=rbind(ID=colnames(geneExp),geneExp)
write.table(out,file="immGeneExp.txt",sep="\t",quote=F,col.names=F)

免疫基因相关表达量.png