Ubuntu18.04装机环境配置记录
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基本环境
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装vim,
sudo apt-get install vim
开ssh。
理论上秘钥文件肯定比密码好，但是麻烦。
只弄密码模式的话按下面的就可以了。
| 一、打开终端，输入以下命令安装OpenSSH服务： sudo apt-get install openssh-server 二、修改“ /etc/ssh/sshd_config”： sudo vim /etc/ssh/sshd_config PermitRootLogin yes （默认为#PermitRootLogin prohibit-password） 三、重启SSH: sudo service ssh restart 四、安装完成之后，就可以在客户端用系统用户来远程登录了。 |
弄好之后Filezilla里就能以SFTP协议传送文件了。
可能会用到的
sudo apt-get install gcc
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炼丹部分，Anaconda
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安装anaconda，在官网或者清华源(anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror)
下载.sh，本地安装。(截止写文时最新版本Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh)
bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
剩下的yesyesyes。
安装完成后，命令行输入conda，看看能不能找到命令。
如果找不到就需要额外配置一下环境。
vim ~/.bashrc
然后添加一行
export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH
之后source ~/.bashrc就能进入base环境。
每次登陆ssh都这样很麻烦，所以在.bash_profile里加一条。
vim ~/.bash_profile后添加
if test -f .bashrc ; then
source .bashrc
fi
之后每次ssh登陆自动进base。
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anaconda 设置清华源
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
>因为遇到一个报错``CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url
>参考#Anaconda建立新的环境，出现CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url ...... 解决过程 - tianlang25 - 博客园
>链接只能用http
或者参考anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror
vim ~/.condarc写入
channels:
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud创建一个简单的新环境
#创建干净的新环境
conda create -n myenv python=3.7
#这样写只会安装少量python的包提示是否安装，y确认，等待片刻完成。
激活新环境
source activate myenv
#或者
conda activate myenv
然后在pip里面安装相关的库。因为anaconda装太慢了。
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设置pip使用清华源。
//参考使用帮助pypi | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple返回
(myenv) qq@qq-Z370-HD3:~/.pip$ pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
Writing to /home/qq/.config/pip/pip.conf
正好疑惑了很久pip的配置文件到底在哪。
网上搜上古文章都告诉我在~/.pip/pip.conf
但是从这个返回信息看，路径应该在 ~/.config/pip/pip.conf
所以可以
vim ~/.config/pip/pip.conf
然后输入内容
[global]
timeout=3000
index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
trusted-host = pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
保存退出
#强制保存
w! sudo tee %
#强制退出
q!然后把炼丹工具包装了
pip install numpy
pip install pandas
pip install matplotlib
pip install tqdm
pip install torch #torch比较大可能需要离线安装
pip install torchvision
#cuda的包可以单独拎出来装，不在这里装
#pip install cudann
#pip install cudatoolkit
#-------备选
pip install gpustat
pip install scipy
pip install pyyaml
pip install wandb
#-------graph用的
pip install networkx
pip install ogb
pip install dgl
pip install git
pip install zip
pip install curl
pip install cython
pip install pillow
pip install opencv-python
pip install pycocotools
pip install PyQt5
torch推荐离线安装
导出环境
>pip freeze > requirements.txt
安装环境
>pip install -r requirements.txt
附带一个py3.7的环境 (21.05）
```bash
argon2-cffi==20.1.0
async-generator==1.10
attrs==20.3.0
backcall==0.2.0
bleach==3.2.1
certifi==2020.12.5
cffi==1.14.4
chardet==4.0.0
cycler==0.10.0
decorator==4.4.2
defusedxml==0.6.0
dgl==0.5.3
dgl-cu102==0.6a210110
entrypoints==0.3
future==0.18.2
idna==2.10
importlib-metadata==3.4.0
ipykernel==5.4.2
ipython==7.19.0
ipython-genutils==0.2.0
ipywidgets==7.6.3
jedi==0.18.0
Jinja2==2.11.2
joblib==1.0.0
jsonschema==3.2.0
jupyter==1.0.0
jupyter-client==6.1.11
jupyter-console==6.2.0
jupyter-core==4.7.0
jupyterlab-pygments==0.1.2
jupyterlab-widgets==1.0.0
kiwisolver==1.3.1
littleutils==0.2.2
MarkupSafe==1.1.1
matplotlib==3.3.3
mistune==0.8.4
nbclient==0.5.1
nbconvert==6.0.7
nbformat==5.0.8
nest-asyncio==1.4.3
networkx==2.5
notebook==6.1.6
numpy==1.19.5
ogb==1.2.3
outdated==0.2.0
packaging==20.8
pandas==1.2.0
pandocfilters==1.4.3
parso==0.8.1
pexpect==4.8.0
pickleshare==0.7.5
Pillow==8.1.0
prometheus-client==0.9.0
prompt-toolkit==3.0.10
protobuf==3.14.0
ptyprocess==0.7.0
pycparser==2.20
Pygments==2.7.3
pyparsing==2.4.7
pyrsistent==0.17.3
python-dateutil==2.8.1
pytz==2020.5
pyzmq==20.0.0
qtconsole==5.0.1
QtPy==1.9.0
requests==2.25.1
scikit-learn==0.24.0
scipy==1.6.0
Send2Trash==1.5.0
six==1.15.0
tensorboardX==2.1
terminado==0.9.2
testpath==0.4.4
threadpoolctl==2.1.0
torch @ file:///home/torch-1.6.0-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl
tornado==6.1
tqdm==4.56.0
traitlets==5.0.5
typing-extensions==3.7.4.3
urllib3==1.26.2
wcwidth==0.2.5
webencodings==0.5.1
widgetsnbextension==3.5.1
zipp==3.4.0
```
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cuda部分
参见另一篇文章《Ubuntu 18.04 安装CUDA10.0》(Ubuntu 18.04 安装CUDA10.0_w55100的博客-CSDN博客_ubuntu18安装cuda10.0)
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jupyter
需要配置成允许远程访问
pip install jupyter
jupyter notebook --generate-config
生成配置文件
返回~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
于是
vim ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
然后找到2项修改。或者不找，直接在头部插入。
c.NotebookApp.allow_remote_access = True
c.NotebookApp.ip = '0.0.0.0'# 工作端口
c.NotebookApp.port =8888c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.password = '' #等下填
这样就能监听任意ip，而且允许远程访问。
注意到新版本的jupyter已经把NotebokApp的部分属性迁移到ServerApp中
c.ServerApp.allow_remote_access = True
c.ServerApp.ip = '0.0.0.0'
# 工作端口
c.ServerApp.port =8888
c.ServerApp.password = '' #等下填
c.NotbookApp.open_browser = False再设置密码。
ipython
In [1]: from notebook.auth import passwd
In [2]: passwd()
Enter password:
Verify password:
Out[2]: 'sha1:ce23d945972f:34769685a7ccd3d08c84a18c63968a4sadd42274'quit退出
复制输出结果，这个就是密码的密文。
再次编辑配置文件。
修改或增加一行。
c.NotebookApp.password = u'sha1:45db3679aa07:c2eafa6431f8436a18f331e100e82b02dfc01e5c'
有简洁方式
>
jupyter notebook password然后两次输入密码即可。
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jupyter lab
conda install jupyterlab
conda install jupyterlab-language-pack-zh-CN
或者
pip install jupyterlab
pip install jupyterlab-language-pack-zh-CN
设置密码
jupyter-lab password
Enter password:
Verify password:dgl
Deep Graph Library
https://data.dgl.ai/wheels/repo.html
https://data.dgl.ai/wheels/dgl_cu102-0.7.2-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl