如何用Image J实现组织图片的无缝拼接

为什么今天要提到无缝拼接这项技术呢？

在开展动物实验时，不可避免地要拍摄完整器官切片的图像，这也逐渐成为很多SCI期刊的要求。（如下图所示）

局部图像几乎都存在“人为选择”偏倚，甚至无法反映出真实情况，这种“管中窥豹”式的结果显然说服力不强。

然而，在具体执行时，全数字切片扫描仪器仅仅只能帮助我们获取小动物（小鼠/大鼠）明场下的全器官图像，获取荧光场下的全器官图像很难。

此外，受限于玻片尺寸和物镜视野的显示，大动物（兔、比格犬、食蟹猴等）的全器官图像很难获取。

今天的推文就是为了以上问题。

图文教程

1. 搞科研都知道Image J可以用来分析蛋白条带或IHC平均光密度。你肯定想不到，它还可以用来无缝拼接图像。

一定要下载FiJi版本，接下来要用到其中的插件Stitching，否则无法进行后续操作。（开源软件下载地址：https://imagej.net/Fiji）

2. 为避免软件与系统冲突 或出现闪退，软件尽量安装在C盘的非program file (x86）的非中文文件夹内。

3. 大尺寸的器官在4X物镜下拍摄多张照片，保证部分区域有重合，这样可以提高拼接精准度。例如想要获取荧光染色后全肾图像，可以在4X物镜下拍摄2张有重合的图片。（现实中，两次拍摄的图片绝对不存在无重合区的两张图，这是最常见的情况）

4. 用Image J 打开拍摄好的两张图。

5. 选中其中一张图，按照如下选择，将RGB彩图分解为R、G、B三种通道图像。

6. 同理，将另外一张彩图也进行分解。

7. 然后点击Plugins，选择Stitching，选择Pairwise stitching。

8. 在弹窗中，分别按照对应的通道选择需要拼接的图像，比如红-红、绿-绿、蓝-蓝。然后按照如下设置。

9. 稍等片刻，然后就能得到红色通道的无缝拼接图像。

10. 用同样的操作依次获取绿色通道和蓝色通道的缝拼接图像。

11. 点击image，选择color，选择merge channels。将拼接好的红-红、绿-绿、蓝-蓝单通道图像merge成为RGB彩图，如下设置后点击OK。

12. 获得无缝拼接后的RGB彩图。可点击file ,save as保存为所需格式图像。

13. 最终效果如下。完美的无缝拼接效果！

Ending~~

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