喜大普奔，性能提速一倍，结果稳定重现！你的fastp该升级了！

2021.10.08 号 fastp 重磅更新了，让我们来了解体验一下吧！

Fastp的创建与发展

NGS 测序FASTQ文件的质量控制和预处理是为下游分析提供干净数据的关键。传统上，每个操作都使用不同的工具，如质量控制、接头修剪和质量过滤等，或多次读取和加载数据都会导致分析繁琐及效率低下。

为解决该问题，来自深圳海普洛斯公司的陈实富博士带领其团队开发了一个超快的fastq预处理开源软件fastp。它可以实现对数据的一次性处理，包括过滤低质量，过滤adapter，截取reads，split分割大文件，生成报告等。这个工具是用c++开发的，并且支持多线程。这导致fastp比其它FASTQ预处理工具(如Trimmomatic或Cutadapt)快2-5倍。最终其研究结果于2018发表在Bioiformatics（IF=6.937）杂志上， 至今其引用次数高达2000+。

Fastp 最新升级版本

自2018年第一版本发布以来，fastp 软件陆陆续续的不断的更新优化，目前已经更新37个版本。2021.10.08 陈博士重磅发布新版本fastp v0.23.0，该版本在性能上有了很大的改进。首先，线程和I/O模块已经被完全重写，以生成可重复的输出，并极大地提高性能。其次，引入了新的库libisal和libdeflate来取代运行缓慢的zlib。尽管这可能会给编译带来一些困难，但这些都值得改进性能。在这些改变下fastp v0.23.0 产生了重大的变化：

    1. 在很多情况下fastp v0.23.0可以比以前的版本提速1倍以上速度， 特别是当压缩级别设置为6或更高时，性能增益非常明显。

    2. 线程的随机性已经解决，所有结果都可以稳定重现，同一次命令重复运行，结果也不会有任何不同。

Fastp 安装测试

让我们下载安装测试一下新版本fastp v0.23.0与旧版本fastp的区别。当我们将压缩率都设置为6时候，新版本fastpv0.23.0 平均运行时间约31s，且重复三次运行后生成的质控后的文件大小一致，md5值不变。相对新版本，旧版本fastp v0.20.0 平均运行时间约为85s，重复三次运行之后产生的质控文件大小不一致，md5值存在差异。

现在，赶紧去升级你的fastp（https://github.com/OpenGene/fastp）软件吧！