测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

    在我们开始测序之前，经常会被问道，你需要的测序深度和测序覆盖度的概念，比如在测序线粒体的DNA时候，测序小哥就问说1个G的数据量够了吗？下面就给大家解释下这两个概念：

（图片来源于知乎余功旺）

测序深度（depths）

      测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小，通常结果用n×来表示。

测序覆盖度（coverage）

      测序覆盖度是测序所组装的结果占整个基因组的比例，实际上，由于我们测序的结果通常不能组装出完整的结果，因为在基因组上有很多的重复序列，高GC的结构存在，这使得组装结果不能覆盖整个参考基因组，这些没有被组装好的区域就叫做覆盖度。

实例

（1）小明请测序公司测序DNA样本，采用Illumina PE150的测序平台，采用双端测序技术，生成150 bp的reads，单端的reads数目为3,300,000，Insert size为350 bp，测序的基因组大小为760 Mb，测序的样品DNA不考虑样品中的线粒体DNA影响，测序深度为( )×？

(2) 我们有时候也说，我要测序1G的数据量，那么这种情况下测序深度是( )×？

备注：（1）1G=1024Mb 1Mb=1024kb 1kb=1000bp

           （2）如果是测昆虫线粒体基因组大小，一般1G的数据量够了

Reference：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/40040208

http://www.360doc.com/content/19/0123/16/52645714_810824928.shtml

https://zhuanlan.zhihu.com/p/74558512