自行编译软件的安装

编译型语言的是将源代码编译成二进制代码之后才能运行，因此执行效率更高，可已移植性更好。但是，编译型语言每次都得编译之后才能运行，在编写程序时，不容易测试。
解释型语言的优点是不需要编译就可以直接运行，方便查看源代码。平台兼容性好，在任何环境中都可以运行，可以快速部署，不用停机维护。

注意readme文件

README，readme.md，readme.txt，INSTALL.txt ，INSTALL中有详细介绍：软件说明，安装方法，使用案例，联系方式等内容。

编译软件过程

1、configure
检查环境配置、更改软件安装目录
工作过程中会提示一些warnings 和 error 信息，warnings 可以忽略，但是遇到 error 就会停止，需要解决这个依赖，然后重新运行 configure，直到全部检查通过，才可以进行下一步 make。
2、make
编译
3、make install
将软件链接到指定的安装目录
有的软件第一步configue 会指定目录。如果第一步没有指定，则安装到默认的目录下，一般是/usr 目录。
注意：如果不是管理员用户，则没有权限写入/usr 目录，这个时候会提示“Permission denied”，这个不影响软件运行，可以手动将可执行程序链接至自己的软件目录内：将可执行程序 ln -s链接到 bin目录下即可。

#1 bwa 只适合二代测序
cd ~/biosoft
git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa; make

#2 minimap2  对比长序列，三代数据（prcbio和Nanopore）
git clone https://github.com/lh3/minimap2
cd minimap2 && make

#3 prodigal  原核生物基因预测
git clone https://github.com/hyattpd/Prodigal.git
cd Prodigal
make install 
.c  .h  文本文件
.o   二进制

#14 安装filtlong   过滤长片段
git clone https://github.com/rrwick/Filtlong.git
cd Filtlong
make -j  #可选择线程数
time make -j 12  #计时

#5 flye  基因组拼接（纳米孔）三代
git clone https://github.com/fenderglass/Flye
cd Flye
make

#6 mummer4  序列比对（DNA/蛋白质）
wget https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0rc1/mummer-4.0.0rc1.tar.gz
tar -zxvf mummer-4.0.0rc1.tar.gz
cd tar -zxvf mummer-4.0.0rc1
autoreconf -fi  #安装configure
./configure --prefix='自己想放置的位置'
make
make install

#7 htslib
#包括samtools和bcftools在内的很多软件都需要依赖htslib，所以需要先安装htslib
cd ~biosoft
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib
autoreconf -i
git submodule update --init --recursive 
./configure   
make
make install

#8 安装samtools
cd ~/biosoft
git clone https://github.com/samtools/samtools.git
cd samtools
autoheader     
autoconf -Wno-syntax
./configure          
make

#9 安装bcftools
cd ~/biosoft
git clone https://github.com/samtools/bcftools.git
cd bcftools
autoheader 
autoconf 
./configure --enable-libgsl --enable-perl-filters
make

#10 bedtools
wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.29.2.tar.gz
tar -zxvf v2.29.2.tar.gz 
cd bedtools2-2.29.2/
make

#11 deeptools
git clone https://github.com/deeptools/deepTools.git
python setup.py install --prefix ~/biosoft/deepTools2.0

#12 Augustus
# https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus
#安装依赖
yum install -y libboost-iostreams-dev zlib1g-dev libgsl-dev  libboost-all-dev libsuitesparse-dev liblpsolve55-dev libsqlite3-dev libmysql++-dev libbamtools-dev libboost-all-dev  libboost-all-dev
git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git
cd Augustus
make

#13  sniffles
wget https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles/archive/master.tar.gz -O Sniffles.tar.gz
tar xzvf Sniffles.tar.gz
cd Sniffles-master/
mkdir -p build/
cd build/
cmake ..
make

#14 rocon网址
git clone --recursive https://github.com/lbcb-sci/racon.git 
cd racon
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
make