Day 3 Joey

linux系统下的应用程序商店

Bioconda

1. 啥是Bioconda

conda 就是涵盖多领域的软件包管理器（包含anaconda, miniconda）
现选用官方推荐最简单的miniconda

2. 下载并安装

2.1 找到并复制链接

2.1.1 搜索miniconda 清华
2.1.2 点击Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 ](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/)
miniconda 清华
2.1.3 进入[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)
2.1.4 找到链接 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ，并复制

2.2 下载

2.2.1 打开并登陆昨日下载putty
2.2.2 从该服务器下载miniconda
cd biosoft #进入该文件夹
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下载

2.3 安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 该点enter，yes的时候点 #安装
source ~/.bashrc 激活

3. 配置镜像文件

复制粘贴后回车，进行配置

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

完成后就可以安装所用软件了

4. 软件安装

conda list 查看软件列表
conda search fastqc 搜索软件fastqc
conda install fastqc -y自动安装软件fastqc
conda remove fastqc -y 卸载软件fastqc