学习笔记Day3 by康康

Conda

1. Conda是什么

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。简单的可以把conda认为是linux系统中的app store

2. conda & miniconda & anaconda
   来自公众号-生信星球
3. 安装conda

uname -a #查看服务器是多少位
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装 miniconda
 #按照要求按enter 或输入yes
source ~/.bashrc #激活conda
conda

4. 添加频道
   官方频道

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

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使用conda

1. conda list conda软件列表
2. conda search 软件名 用conda搜索软件
3. conda install 软件名 -y 用conda安装软件， 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】
4. conda remove 软件名 -y 用conda卸载软件

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conda环境

https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

2. conda env list 或 conda info --envs 用于查看当前conda环境
3. 创建新环境

conda create -n rna-seq python=3  -y
#-n 设置新环境名称 即 rna-seq
# python=3 指定新环境的python的版本，非必须参数
# -y 跳过yes步骤

4.【存疑？？？】 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

5. 再次查看conda环境
6. 激活该环境
   conda activate rna-seq
   7.退出当前环境
   conda deactivate
7. 删除环境
   conda remove -n 环境名称 --all

8. 可以看到在不同的环境中用户名root前面的[ ]内有不同的显示；而当查看conda环境时，可以看到 *所在位置即为当前所在环境

   
   
   conda环境的变换