如何将HiC-pro的 *.allValidPairs变为.hic文件，然后导入juicerbox进行观察？

我们在完成HiC-pro之后，会在hic_results看到一个.allValidPairs的文件，这个文件代表了HiC (or HiChIP)数据中所有的交互情况，有的文章中需要用热图的形式得以展示，因此我们需要对这一部分数据进行可视化。juicerbox可以很方便的做到这一点。我们只需要把.allValidPairs形成.hic文件即可。

1.下载hicpro2juicebox.sh及juicetools(必须)

其中hicpro2juicebox.sh也可以不用下载，我们在HiC-pro的安装目录下也可以找到（版本2.11.1以上），juicertools安装可见大神连接Juicer软件的安装详解 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)；然后运行命令就好了！

bash juicebox.sh -i *. allValidPairs

-j juicer_tools_1.22.jar 

-g hg19 

-o outfile