服务器上安装Rstudio-server

R语言是生信分析、数据挖掘最常用最好用的软件之一，得到了广大生信工程师、数据分析师的厚爱。Rstudio 是 R 的集成开发环境，使得R语言的用户体验更强。
以下安装均在管理员账号下完成，或者个人账号下有管理员授权（sudo）；单纯个人账号下安装 R 语言可以使用 Anaconda（conda install r-base），但是无法完成 Rstudio-server 的安装和使用。

方法1：使用Docker安装

参考：

「r<-教程」R Docker 教程
在linux（ubuntu）中使用网页版的rstudio
docker 安装Rstudio，远程生成图表
Rstudio Server + Docker + tensorflowR - 云端安装与使用R语言与GPU深度学习
Rstudio Server的安装和使用（附常见问题）
如何修改RStudio Server密码

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实践：

第一步：安装Docker，详见官网

https://docs.docker.com/get-started/

第二步：pull 镜像到本地，在宿主机上创建/home/kcao/R 文件夹，并运行运行Rstudio容器

• 将本地文件夹/home/rstudio/r-docker-tutorial 挂载到docker实例文件夹/home/rstudio/r-docker-tutorial中
• 启动端口8787；

$ mkdir -p  /home/kcao/R
$ docker run -d  -e PASSWORD=xxxxxx -v /home/rstudio/r-docker-tutorial:/home/rstudio/r-docker-tutorial --name rstuido -p 8787:8787 rocker/rstudio

第三步：设置xshell隧道

设置8787端口

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第四步：在本地浏览器中使用Rstudio

username：rstudio
password：就是第二步中设置的 xxxxxx

效果：http://localhost:8787/

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第五步：设置腾讯云防火墙，开放8787端口

如果想直接通过IP进行登录，类似访问网页那种效果，有一个浏览器就可以打开，甚至ipad上面也可以编程；

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第六步：效果：

通过IP+端口，通过不同设备访问Rstudio ；
http://49.235.78.63:8787/
账号密码同上；

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方法2：自己手动安装

参考：

如何在 CentOS 系统上安装 Rstudio-server
https://zhuanlan.zhihu.com/p/101988060
查看Redhad7.6版本系统上防火墙状态时，看到了下面的提示
https://www.cnblogs.com/wayneliu007/p/10372601.html
在服务器中使用R--RStudio Server

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实践：

第一步：R 语言的安装（yum install）

进入管理员账号并安装的代码如下：

yum -y install epel-release
yum -y install R

第二步：Rstudio-server 安装

登录 Rstudio 官网（RStudio | Open source & professional software for data science teams），在 Products 选项卡中选择 Rstudio Server，而后找到并选择 DOWNLOAD SERVER 如图：

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第三步：必要的设置

• 查看安装位置

$ which rstudio-server
$ which R

• 确定安装路径，并添加文件 rserver.conf

$ vim /etc/rstudio/rserver.conf

# Server Configuration File
www-port = 8790
rsession-which-r=/usr/bin/R
auth-timeout-minutes=0
auth-stay-signed-in-days=30

• 其中 rsession-which-r= 后面为 R 的安装路径。然后保存退出，并添加文件 rsession.conf. 保存退出。

$ vim /etc/rstudio/rsession.conf

# R Session Configuration File
www-port = 8787

• 配置也大致完成，最后还有防火墙设置。先关闭系统防火墙：打开 Rstudio-server，并查看状态：

$ systemctl stop firewalld.service

$ rstudio-server start
$ rstudio-server status

(base) [17:19:35] root@VM-4-4-centos:~
$ rstudio-server status
● rstudio-server.service - RStudio Server
   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: disabled)
   Active: active (running) since Sun 2021-10-10 17:19:35 CST; 2s ago
  Process: 23222 ExecStop=/usr/bin/killall -TERM rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
  Process: 23223 ExecStart=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
 Main PID: 23233 (rserver)
    Tasks: 3
   Memory: 86.8M
   CGroup: /system.slice/rstudio-server.service
           └─23233 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver

Oct 10 17:19:35 VM-4-4-centos systemd[1]: Starting RStudio Server...
Oct 10 17:19:35 VM-4-4-centos systemd[1]: Started RStudio Server.

• 此时可以访问 Rstudio-server 了，但是防火墙需要设置一个端口为 8790（Rstudio-server的端口）的白名单（--permanent 表示永久）：

firewall-cmd --zone=public --add-port=8790/tcp --permanent 

• 最后别忘了重新打开防火墙，并查看状态：

$ systemctl start firewalld.service
$ systemctl status firewalld.service

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第四步：一些必要的插件

为了后续的使用以及 R 包的安装，需要安装一些插件，如下：

$ yum -y install openssl-devel libxml2-devel zlib java gcc-gfortran gcc gcc-c++ readline-devel libXt-devel bzip2-devel bzip2-libs xz-devel pcre-devel libcurl-devel libxslt-devel aspell-devel openldap libjpep-devel gmp-devel mpfr-devel cairo-devel proj-devel gdal-devel libtiff-devel librsvg2-devel udunits2-devel

第五步：其他

• 此时直接通过IP访问还是不行，需要开启腾讯云服务器上面的防火墙端口

  
  
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• 最后一步：添加一个普通账户
  前面都是用root账号在安装操作，但RStudio Server基于安全考虑不允许使用root账号登录，因此，我们需要创建一个新的账号来使用RStudio Server。

类似下面的操作：

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第六步：最终效果

http://49.235.78.63:8790/
账户&密码：见第五步操作；

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