全基因组重测序技术路线

概述
全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。
将不同梯度插入片段（Insert-Size）的测序文库结合短序列（Short-Reads）、双末端（Paired-End）进行测序，帮助客户在全基因组水平上扫描并检测与重要性状相关的基因序列差异和结构变异-SNV，实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。
目前针对人类全基因组重测序能保证30X，90G的数据量。

技术路线
提取基因组DNA，利用Covaris进行随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头, 进行cluster制备，最后利用Paired-End（Solexa）的方法对插入片段进行重测序。
下图以Solexa为例，说明整个实验方案。

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Fig 1.双末端（Paired-End）测序原理（from www. Illumina.com）

测序深度(Sequencing Depth)：
测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小（Genome）的比值，
它是评价测序量的指标之一。
测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。
重测序的个体，如果采用的是双末端或Mate-Pair方案，当测序深度在10~15X以上时，基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保证。

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