2021-04-14小白安装单细胞软件iTALK安不上，报错v8没有，一步步解决

背景介绍

我们课题组是租用的公司的共享服务器，当然也就没有管理员权限（他们说的root权限，所以用conda建小环境，conda安软件很重要，后面会提到）。

第一步 安装报错，排除网络问题（下载不下来软件）

我直接在R上安装iTALK，2种方式都尝试了：

方法1,直接从github上去下载安装，代码是devtools::install_github("Coolgenome/iTALK", build_vignettes = TRUE)，这种安装不成功，很多时候是因为网速下载不下来，出现类似http、denied等字眼多是网速不行，另外我也发现一般早上的时候github能上，然后从中午开始到晚上就不行了。

方法2，自己去这个软件在github的网址下载到自己的服务器上，然后用代码本地安装：devtools::install_local("/ifs1/User/ziyuan/singleRNA/iTALK-master.zip")

方法2也安不上，报错，至少说明不是网络问题，报错如下：

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从报错中可以看出，R是说不能找到libv8 engine library. 然后让我尝试安装:

• deb: libv8-dev or libnode-dev (Debian / Ubuntu)
• rpm: v8-devel (Fedora, EPEL)
• brew: v8 (OSX)
• csw: libv8_dev (Solaris)
  或者, on Linux (x86_64) or MacOS 设置环境变量 :
  DOWNLOAD_STATIC_LIBV8=1等等。

我思考了一下，选择前者----先尽量尝试安装，因为改变环境变量这个事，对我来说比较复杂哦。另外，后续的报错还说Cairo、scde没有，但原则上是一个问题一个问题解决，而且有些时候一个问题解决了，后面的问题就自然没有了（比如可能一个包安上的同时也把它缺的一些依赖包也安上了）。

第二步 尝试分析问题（上网搜、仔细看报错信息等），不要上来就急于不停安装哦

然后，我把error message里的“v8.h：No such file or directory”输入到百度里去找网页，没有发现一模一样的问题，但提到要安装v8，或者有些说是服务器里有，只是R找不到只需要链接过去等等。找总比安快多了吧，于是我果断先快速学习一下find命令，用find命令找了一下，确实没有v8：

开始大小写没注意，后来搜了小写v8也没有

然后，报错信息不是提醒我安装libv8-dev or libnode-dev或者libv8-devel或者v8嘛，那我这个服务器该安哪个呢？就查一下呗，发现应该是安装这个： * rpm: v8-devel (Fedora, EPEL)

ubuntu基于debian，fedora基于redhat
两者区别1. 软件包格式，ubuntu/debian——deb fedora/redhat——rpm
两者区别2. 在终端下的软件管理： ubuntu/debian——apt-get fedora/redhat——yum

查了一下我的服务器是centos的

第三步，摸索着开始安装

但是没有管理员权限sudo yum install v8-devel搞不定，而conda install v8-devel又安装不上（如下图），怎么办？

图片.png

开始以为是conda的镜像配置问题，照着这个网页的vim进入~/.condarc都修改了，还是安不上：

图片.png

于是我想依葫芦画瓢，把v8-devel下载到服务器呢，直接百度v8-devel，直接搜索到软件根据我的服务器版本号下载：

https://pkgs.org/download/v8-devel

悲催的是各种依赖没安装，还是安装不上，所以现在才知道conda的好

下载了依赖后，安装又是permission deny，哭

怎么办，思考中···依赖复依赖，依赖何其多！我得conda啊，于是我想：直接用conda搜索一下，搜索的时候不要限制词太多，搜关键词v8，于是，我看到了一连串的libv8：

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虽然系统提示我安装 v8-devel，但是系统也说了“Configuration failed to find the libv8 engine library. ”里面有libv8这个关键词哦，libv8、v8.h、v8-devel它们之间应该是一家人，conda又擅长解决各种依赖，安一个一家都安上了，所以，我就尝试安conda里有的libv8吧。

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3个done，表示成功安装了。于是又重新运行命令：devtools::install_local("/ifs1/User/ziyuan/singleRNA/iTALK-master.zip")

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没有报v8的错误了，说明解决了，小激动一下，哈哈。然后是Cairo和scde，Cairo在前，而且它是scde的依赖，按原则也是一个一个解决，先弄Cairo吧。
直接在r里用install.packages命令安装，又报错安不上：

Snipaste_2021-04-14_17-38-32.PNG

好吧，我回到Linux里，用conda安装，3个done，安上了（顺便说一下，一会儿要在R的某个小环境下，一会要在Linux下面，来回转换好麻烦，我就直接把服务器登录界面点击2次，登录2个，不是说Linux可以多人同时登陆一个账号嘛）：

Snipaste_2021-04-14_17-38-58.PNG

然后我再运行命令：devtools::install_local("/ifs1/User/ziyuan/singleRNA/iTALK-master.zip")，直接就安装上了iTALK，可能conda安装Cairo时候把scde也解决了吧：

图片.png

小洁老师说warning不用管，你看我第三次library(iTALK)就没有warning了（搞笑，第二次library还把iTALK写错了，真的是能tab补全就不要去手打啊）。
至此，安装上了iTALK。

总结

1 conda真心好用。能conda装还是要conda装（包括R包），因为很多依赖没法一起安，依赖又有依赖，无穷尽······
2 conda建一个环境真的很重要。因为很多时候解决问题就会心情不好，一不小心就乱安一通，有一个小环境就不至于把整个服务器搞崩溃，最多把那个小环境删除了嘛。
3 解决报错是常态（因为每个人电脑环境都是独一无二的，除非有人帮你操作电脑解决，不然一切还是得靠你自己，别人或网上只能提供一些可能的原因，你自己要操作去验证，不要简单的把这些操作验证的过程当成走弯路，觉得自己亏了），心态要好（真不好做到，只有多尝试去解决几次这种情况，就习惯了，“脱敏”了）
4 虽然说是小白，但还是有一些Linux、R基础 的（比如做一类项目就最好conda一个小环境，github的包下载下来命令怎么安装等等），所以零基础的同学还是应该先多学一点，学得多，更可能解决问题，解决问题也快得多。