强势更新 | 进化尺度上的基因保守区块挖掘

写在前面

一年前，我看到课题组其他成员在整一个“进化保守区块”挖掘的工作。说实话，觉得....挺麻烦。于是我写了一个工具，具体见推文《进化保守的基因区块-可视化挖掘》。

这个功能有几个不错的点，主要包括：

1. 自动寻路 - 这点尤为重要，无需用户做任何配置文件
2. 随意调整基因区块
3. 基因区块反向
4. 鼠标悬停展示基因ID
5. 其实可以直接右键删除一些不感兴趣的Panel
6. ...

另外输入也简单：

1. 每个物种的基因位置信息文件
2. 基因对信息

事实上，这个功能推出之后....我们课题组并没用起来。相反，有不少科研人员与我联系，希望更好的使用，也提了一些不错的建议，比如邵扬提到的几个。具体我.....接受了绝大部分建议，并把这些建议给忘记了....
但科研需求嘛，躲得过别人的，躲不过自己的。最近师弟在做一些网站优化。原本是按照计划调用唐海宝老师的JCVI，但无奈conda配置起来的，调用上遇到了问题。（很明显，即使喊我去整，我也懒得）。与其花时间帮忙调试环境，不如用更少的时间，优化下 TBtools 已有功能。于是，现在 TBtools 的 “Find Evolutionary Conserved Path” 功能多了三个重要更新。

1. 自动布局，前述版本Panel左对齐，但最合适的应该是居中对齐
2. 支持单基因定区间，即用户只需要输入自己非常感兴趣的一个基因，TBtools 会直接抓取上下有 10 个基因，并由此去自动寻路，找到所有可能的共线性区块（注意...这里的所谓的共线性区块是 TBtools 自定义的宽松逻辑，比MCScan和JCVI都宽松），TBtools 优势在于自动寻路，不在于分析结果

3. 支持高亮基因，只需要设置一个感兴趣的基因 ID，TBtools 会将图片中与该基因直接相关或间接相关的基因都高亮出来，并标记 ID。大体结果图如下：

   
   

至于使用方法

我想了一下....界面上已经写得很清楚具体输入了，相信只要想做这个事情的人，自然都看得懂这些输入参数....不做过多展开，但可以简单描述：

1. 区间信息，可以是“染色体ID#起始位置#终止位置”，如“Chr1#1000000#200000”，对应的是第一个物种的区间即可；也可以是“起始基因ID#终止基因ID”；当然，现在可以是“某个基因ID”，当然，必须是第一个物种的。
2. 简化后的gff文件，这个用 TBtools 的 GFF 简化功能即可，比如 Gene Info. Extract，输出文件可以直接用
3. 基因对的信息，可以直接是 Blast比对 或 Diamond 比对结果（输出文件tab格式直接用），也可以是任何共线性分析结果（不过需要转换一下，比如用TBtools转换）
4. 高连的基因ID，只要这个ID在输出的图片中存在就行了，不管是哪一个物种的

整体上，最关键的估计只有一个，保证 基因ID 在区间信息，位置信息，基因对信息，和 高亮信息 中是同一个来源。简单来说：如果你从头到尾使用 TBtools，那就不存在这个问题，因为我都考虑过了。

写在最后

有时候想想，搞分析的人，挺难的。幸好，我不搞了，以后要回归大田，种树种树。