数据分析实在太难了，差异分析到底怎么跑啊，怎么才不出错呀！coldata到底怎么构建呀……！别慌，傻瓜包来了！它就是simpleRNA，居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差异分析，并生成结果矩阵和结果图！
simpleRNA —— 简单易用的R包，不需要懂分析就能跑
为了方便各位不熟悉数据分析的小白们能够自己做好RNA差异分析，小编联合另一位小伙伴Skye直接写了一个傻瓜包——simpleRNA。10秒就能跑完
你需要准备的只有2个：
1> 你的表达矩阵
2> 一个分组矩阵
运行流程也非常简单，只要你电脑装了R，在R中指定这两个矩阵的路径，然后直接复制2行代码就可以直接跑出结果啦！
test <- runDiff(matdir = matdir,condi = condi)comp <- compareSmp(test$dds,group1 = "CV",group2 = "normal")
结果会直接输出标准化过的矩阵、两两比较的结果、以及表达火山图和热图。
数据来源于【GSE81455】
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81455
是不是很心动！
接下来，小编就教大家怎么用。
使用教程
【一、安装】(高阶玩家可以直接跳过)
1> 首先你的电脑要安装R，然后安装依赖包（已经装了这些的话请跳过）：
依赖包：DESeq2, edgeR, pheatmap, ggplot2, ggrepel【强者跳过】
没装过的直接复制以下代码
install.packages("ggplot2")install.packages("ggrepel")install.packages("pheatmap")if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")BiocManager::install("edgeR")
2> 安装simpleRNA，下载simpleRNA安装包【获取安装包请拉到最底下】
在Rstudio中右下角点开packages选项卡，点击install
install from 选择第二个package Archieve file，在弹出的对话框中找到刚刚下载的package文件
点击install即可--安装完成。
【二、准备输入文件】
1> 表达矩阵
仅支持txt文件，如果你的表达矩阵是excel文件，请打开该文件，然后执行 【CTRL+A】，【CTRL+C】, 然后新建一个txt文件，并【CTRL+V】，然后直接保存。 （其实就是全选然后复制粘贴过去）
【example】：
【第一列第一行必须是空】
【全选】——【复制】——【粘贴】后如下：
2> 分组矩阵
分组矩阵的建立步骤：
a> 在EXCEL中建立分组矩阵
【注意分组矩阵的列名和表达矩阵的行名一致】
【第一列第一行必须是空，第二列第一行必须是condition】
b> 复制粘贴到txt文件
【三、运行】
#导入所有需要的包library(DESeq2)library(edgeR)library(ggplot2)library(ggrepel)library(pheatmap)library(simpleRNA)matdir <- "C:/R/wd/expression_Matrix.txt" [路径]请换成你自己的路径condi <- "C:/R/wd/condition.txt" [路径]同样需要更换成你自己的路径test <- runDiff(matdir = matdir,condi = condi)comp <- compareSmp(test$dds,group1 = "CV",group2 = "normal")
记得把路径换成你自己的路径哦。
这样就完成了，接下来会在你的工作路径里面生成上调结果和下调结果，以及一个plot文件包含一个【火山图】和一个【热图】，如果你不知道工作目录在哪里，没关系，运行完会有提示的。
提示我已经生成了结果，来看看吧。
自动生成的火山图：
以及热图：
数据来源于【GSE81455】经过了修改，将第一行第一列改成了空
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81455
还不错！省了很多事！
各位小伙伴如果有什么别的希望能做成傻瓜包的，欢迎给我留言哦~
直接戳公众号回复即可！
【simpleRNA】下载：回复公众号关键词simpleRNA，即可获得下载地址啦！转发让更多的小伙伴用上~
特别鸣谢：
simpleRNA共同作者Skye
隔壁桌师妹不厌其烦的调试
转载自公众号文章两条命令就跑完RNA差异分析
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