CUT&Tag 技术解析和应用

参考：

嘉因生物讲座视频：CUT&Tag 技术解析和应用

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• ChIP-seq 需要的数据量很大：
  组蛋白：10M; TF： > 50 M

• 交联 ： 可能改变抗原表位，影响抗体结合

  
  
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• CUT&RUN 在活细胞中操作；细胞质量好，不需要交联。

• CUT&Tag 使用Tn5 替代Mnase,也是活细胞操作。ConA beads 有一个刀豆蛋白，抗原结合糖蛋白。增加选择透过性，是一抗和二抗进入细胞，PA蛋白可以结合一抗或者二抗 对信号进行放大。

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• Tn5 可以完成切割，加上所携带保守序列。后续进行PCR 完成接头步骤。但不会切割核小体，插入序列序列长度存在周期性。

  
  
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• 后面的protocol 说可以支持细胞核操作，提高了实用性。对冰冻组织提取了细胞核，也可以进行实验，不需要活细胞。

  
  
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• CUT&Tag 分辨率最高；50M ChIP-seq 效果几乎等于8M CUT&Tag 效果。

• 说明CUT&Tag 可以研究组蛋白修饰，并且数据质量很好。

  
  
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• CUT&Tag 生物学重复比较好，大约0.8.

• 相同的数据量，CUT&Tag 灵敏度更高。

  
  
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• CUT&Tag 运用于转录因子

  
  
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• 技术对比：细胞量更少

  
  
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• 片段长度周期性：通过实验来看组蛋白周期性更加明显；转录因子不太明显。

  
  
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• 通过分析，可以看片段长度分布图，都是周期性分布.

  
  
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• peak 在功能区域占比：好数据在启动子比较多

  
  
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• TSS区域富集

  
  
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• IGV来查看，背景很低

  
  
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• 如果研究转录因子，可以研究转录因子富集情况。

  
  
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• 细胞核提取方法，获得的结果

  
  
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