质谱项目FAQ

1.蛋白鉴定可以鉴定磷酸化、乙酰化等修饰嘛？结果中能看到哪一个氨基酸发生了修饰嘛？

1）3种常规修饰：氧化，烷基化，乙酰化。

2）一般磷酸化、泛素化前期需要做富集，自然状态下的磷酸化、乙酰化的量非常少，串联质谱根据母离子的丰度选取 topN 进行二级碎裂来检测，若前期不进行富集，最终鉴定到的磷酸化、乙酰化肽段可能不多。若客户不做富集，只在搜库时加搜修饰，则最多接受6种修饰，且涉及收费，500元/例。磷酸化富集方法有TiO2富集、PTMscan等，

目前华盈可接磷酸化蛋白组的相对定量蛋白组质谱分析。

3）多肽信息表中（peptide）包含具体哪一个氨基酸位点发生了修饰。

2. CoIP/IP/Pulldown产物跑胶的时候用银染还是考染？

两种都可以。一般产物比较少，银染灵敏度较高，推荐银染。考染灵敏度低，未出现条带处也可能鉴定到蛋白。

3. 我们说的LC-MS中LC指的是什么？有什么作用？

HPLC的目的时为了保证样本按一定的时间来上质谱仪检测而设置的，实现样本梯度上质谱仪。在实际的运行中，HPLC通常为C18柱，即先注入样本，过程大约0.5h，接着按一定的梯度进行洗脱，洗脱样本则按照在流动相中的特性先后进入质谱仪进行检测。

4.怎么实现对肽段的鉴定？怎么确定到的肽段属于哪个蛋白呢？

质谱通过对肽段及离子的质荷比的检测，通过公共数据库：比如uniprot,NCBI等，得到实验样本对应的蛋白数据库，然后设置理论酶切，得到的理论肽段与实验的原始谱图采用搜酷软件比如PD，maxquant等进行比对，设置一定的参数阈值，最后实现蛋白的准确定性。

5.蛋白质谱和蛋白芯片的区别是什么？怎么选择？

蛋白质谱是基于物理学的原理通过质荷比、保留时间等确定分子量，然后借助数据库的比对实现肽段和蛋白的鉴定和定量；蛋白芯片是基于抗原抗体的特异性免疫反应，对一系列特定的指标进行检测，一般通过信号值来判断具体指标的信号；

技术的选择上，一般如果只关注一些比较特定的常见指标，优先考虑蛋白芯片，或者关注的指标属于低峰度蛋白不一定能够检出，蛋白质谱适用于研究全谱蛋白或者是想研究一些不确定蛋白的项目。

6.什么样本能做蛋白组学检测？大概可以测到多少的蛋白种类？

原则上只要能提取到蛋白，就可以做蛋白组检测。样本测到的蛋白种类跟数据库和样本本身蛋白浓度有关，一般数据库越大，可以鉴定到的蛋白质数量越多。也与样本的类型有关，通常，组织细胞相比于体液样本，能够鉴定到更多的蛋白。

7.哪些样本需要去除高丰度蛋白？

血清、血浆、脑脊液等体液样本，高丰度蛋白比例达到97%~99%，包括白蛋白、免疫球蛋白、IgG、IgA、抗胰蛋白酶、纤维蛋白原、转铁蛋白等。高丰度蛋白的存在会影响低丰度蛋白的检测，而低丰度蛋白往往是比较关注的生物标记物或者药物靶点，常规是建议去除高丰度蛋白再检测。

8.胶条鉴定可以做定量吗？

可以的。第一种是胶条鉴定时定性分析用PSM做粗略的定量。

第二种胶条鉴定实验时我们是没法做蛋白定量的，所以需要客户做Co-IP或Pull down实验时要进行等蛋白量量上样，在切胶时也要保证切的就是鉴定的目的条带，我们在搜库的时候可以使用定量的方法来进行搜库。