rdkit 小分子库安装使用;PyRosetta大分子库安装

1、rdkit 安装使用

使用教程参考:
https://sites.google.com/view/ml-basics/dealing-with-molecules

github地址: https://github.com/rdkit/rdkit

1)pip 安装
python -m pip install rdkit
python -c "from rdkit import Chem; print(Chem.MolToMolBlock(Chem.MolFromSmiles('C1CCC1')))"
2)conda 安装

1、安装需要创立单独的python虚拟环境,前提需要提前安装好conda,可以后续方便jupter notebook使用

直接 :conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit


激活:To activate this environment, use
#
#     $ conda activate my-rdkit-env
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate


2、也可以使用ide pycharm,需要设置用刚conda创建的环境

需要进入pycharm设置里在ide调用的python环境选择刚传

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