2020-08-17 数据下载 记录

不管实验室产不产生数据，我们总有机会下载已发表的数据来分析，记录一下不同数据库下载数据的方式。

随便看一套数据吧

（1）NCBI-GEO DataSets：

选择想要的数据进入SRA Run Selector  勾选需要的SRA数据（SRRXXX）--- Selected ---Accession List --- 生成txt文件

对于这样一个txt文件怎么下载里面的数据呢？

nohup prefetch --option-file  SRR_Acc_List.txt &    #nohup 和&组合是为了在后台运行

这样数据下载到哪里呢？

可以自定义：1.which perfetch    2.cd perfetch所在目录   3.   ./vdb-config -i （可更改路径）

（2）EBI ：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

搜索需要的数据并进入下载页面(点击study)

下载Download report 中的TSV（里面包含fastq和sra两种数据类型的ftp等一些信息）

下载TSV后直接保留fastq_ftp 或者 sra_ftp 列  记：ftp.txt

下载数据：

for i in $(cat ftp.txt)

do

    wget $i

done