HyPhy for Linux on Windows10

HyPhy(Hypothesis Testing using Phylogenies)

An open-source software package
for comparative sequence analysis using stochastic evolutionary models

1. 配置好Linux环境，可以参考Linux的windows10子系统 (WSL) 配置

2. 安装HyPhy(分布式并行运算环境的安装可以参考官方文档 installation)

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y build-essential cmake
git clone https://github.com/veg/hyphy.git
cd hyphy
#beta 版本
#git checkout beta
cmake .
make MP
sudo make install

3. 使用方式

a.常用使用方式

输入

HYPHYMP

就可以按照提示一步步设置参数进行运算

b. 批量处理方式，可以参考Positive-Selection-with-HYPHY