生信人员常用的ubuntu命令与常识

前言

虽然很多生信人员的ubuntu技术都很好了，但当你面对新入门以及将要入门的人时，绝大多部分的人都没有接触过ubuntu或者说linux系统，那么这个时候应该如何给他们提供建议以及你日常所使用的命令呢。这里简单的介绍一部分，可能不深入但会尽可能提供一些参考链接提供解答疑惑。至于需要掌握到什么层次当然是见仁见智，多多益善。当然很可能日常使用过程中很多可以不掌握也不出问题，但是一旦遇到就会GG/凉了吧。

常识、基本操作部分

1. 文件系统的结构。
   linux的树状文件系统，包括/home目录的特殊性，都是windows用户没有接触过的，所以需要了解。包括挂载、创建目录、切换目录等。
2. 权限管理
   这个对于windows用户也会是一个十分陌生的领域，因为windows的日常就是不需要处理这些，或者说是无法处理。其中包括用户与用户组、执行权限、更改权限、sudo的使用等。
3. 编译基本操作
   安装软件是每个生信人员无法规避的事情（有专门的服务器管理人员可以给你annoy的除外），那么编译就是十分基本的一件事情，其中包括make、make install、指定编译输出地址、编译缺乏xx共享库时使用apt安装、JAVA的多版本切换等等
4. 环境变量
   环境变量以及python内部包的引用其实是任何一个linux使用者都很容易出问题的地方，弄清楚可能需要遇到很多的坑问题才可以印象深刻和有比较成熟的经验。其中包括$PATH的增减、$PATH的初始化、which和whereis的原理、alias与ln -s的区别、python的sys.path的由来与用处、虚拟环境的实现原理
5. Terminal的操作
   这个自然也不用强调，毕竟是每个使用linux人员最最需要的一个application。其中需要了解的包括term的3种重定向、管道、真/假后台运行 \ 2、bashrc、多种sh、

常用命令

1. cd # 切换目录
2. ls -alF # list all files
3. head \ tail # 获取首尾行数
4. export #赋值环境变量
5. alias # 命令的快捷方式
6. mount \ umount # 挂载与弹出
7. top \ htop # 系统负荷监控
8. less\ more \ gedit \ vi \ vim # 各种文本阅读\编辑工具
9. gzip \ tar \ bzip \ # 各种压缩软件
10. which \ whereis # 获取命令源文件地址
11. find # 搜索文件
12. cat \ echo # 打开文件\print字符串
13. wc #统计行数、字数
14. cut # 按列切出
15. ifconfig # 查看网卡、ip
16. touch \ mkdir # 创建文件、文件夹
17. chown \ chmod \ chgrp #改变所有者、权限、所有组
18. rm \ cp \ mv # 删除、复制、改名/移动/剪切
19. ssh \ scp # ssh登录、基于ssh的cp
20. wget \ curl # 下载
21. dpkg \ apt # 包管理
22. ps -ef # 查看所有进程
23. grep # 正则匹配要求字符串
24. bg \ fg \ jobs # 后台、前台、查看后台任务
25. git #github下载和upload