2022-05-26计算指定滑窗内GC含量 和 计算指定滑窗内基因/TE数量

GC含量计算

参考：https://www.jianshu.com/p/de97067136a9 （利用tbtools小工具）

或者perl脚本（50k窗口统计）From https://blog.csdn.net/hugolee123/article/details/38441927

#! /usr/bin/perl -w

use strict;

die "#usage:perl $0 " unless @ARGV==1;

my $fa=shift;

my $bin=50000; ##50k

open IN,$fa||die;

$/=">";;$/="\n";

print "#Chr\tStart\tEnd\tGC_num\tRatio\n";

while(){

        my $chr=$1 if /^(\S+)/;

        $/=">";

        chomp(my $seq=);

        $/="\n";

        $seq=~s/\n+//g;

        my $len=length$seq;

        for (my $i=0;$i<$len/$bin;$i++){

                my $loc=$i*$bin;

                my $sub_fa=uc(substr($seq,$loc,$bin));

                my $GC=$sub_fa=~tr/GC//;

                my $ratio=sprintf "%.4f",$GC/$bin;

                my $start=$i*$bin+1;

                my $end=($i+1)*$bin;

                my $out=join "\t",$chr,$start,$end,$GC,$ratio;

                print $out,"\n";

                #print "$out\t$sub_fa\n" unless $GC;

        }

}

close IN;

计算指定滑窗内基因/TE数量

参考：

https://www.jianshu.com/p/7efe0d1139a6 （利用bedtools makewindows把染色体拆分成滑窗）

https://www.jianshu.com/p/141de8cfaebf （bedtools intersect详细用法指南）

1. 拆分染色体到指定滑窗（-w参数）

bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows

Chr.length

50k.windows

2.计算每个滑窗内基因数量

bedtools intersect -a 50k.windows -b TE.track -c > TE.newtrack

注 -c参数是b文件在a的每个区间内存在几个重合。

TE.track