MrBayes使用2021-07-30

使用MrBayes需要配置Nexus 文件
参考
https://bin-ye.com/post/2019/10/19/%E5%A5%BD%E5%A5%BD%E5%85%88%E7%94%9F-mrbayes-%E6%93%8D%E4%BD%9C%E8%AF%B4%E6%98%8E/
https://www.jianshu.com/p/8b10ef5c26e1

#NEXUS
BEGIN DATA;
dimensions ntax=37 nchar=2087;
format missing=?
datatype=PROTEIN gap= -;

matrix
Brachionus_calyciflorus_KX822781           ISLILINLAGNITLFYSQTLISLMFWV-PILA
Brachionus_plicatilis_NC_010484            ????????????????????????????????
Brachionus_rubens_MN256532                 ????????????????????????????????
Brentisentis_yangtzensis_MK651258          SILIVLNLSSLVSMMYGLVGFGFSVWFWGVTA
Cavisoma_magnum_MN562586_1                 -------------MGFGLVLLGFWMWAWSVIS
Centrorhynchus_aluconis_NC_029765          NLIGVDNLVGLISVGYGMVLVGMMMWSWGECG
Centrorhynchus_clitorideus_MT113355        GLVVLDNLSGLFSMGYGLVMLSTSLWTWSEYA
Centrorhynchus_milvus_MK922344             SCIVLDNLAGLFSVGYGVVLFGVSLWAWGECS
........
;
END;
begin mrbayes;

    charset Subset1 = 1-107;
    charset Subset2 = 108-566;
    charset Subset3 = 567-731;
    charset Subset4 = 732-870;
    charset Subset5 = 871-1182;
    charset Subset6 = 1183-1382;
    charset Subset7 = 1383-1523;
    charset Subset8 = 1524-1574;
    charset Subset9 = 1575-1599;
    charset Subset10 = 1600-1818;
    charset Subset11 = 1819-2055;
    charset Subset12 = 2056-2087;

    partition PartitionFinder = 12:Subset1, Subset2, Subset3, Subset4, Subset5, Subset6, Subset7, Subset8, Subset9, Subset10, Subset11, Subset12;
    set partition=PartitionFinder;

    lset applyto=(1) rates=invgamma;
    prset applyto=(1) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(2) rates=invgamma;
    prset applyto=(2) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(3) rates=invgamma;
    prset applyto=(3) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(4) rates=invgamma;
    prset applyto=(4) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(5) rates=invgamma;
    prset applyto=(5) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(6) rates=gamma;
    prset applyto=(6) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(7) rates=invgamma;
    prset applyto=(7) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(8) rates=gamma;
    prset applyto=(8) aamodelpr=fixed(mtrev);
    lset applyto=(9) rates=gamma;
    prset applyto=(9) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(10) rates=invgamma;
    prset applyto=(10) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(11) rates=invgamma;
    prset applyto=(11) aamodelpr=fixed(wag);
    lset applyto=(12) rates=gamma;
    prset applyto=(12) aamodelpr=fixed(cprev);

    prset applyto=(all) ratepr=variable;
    unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all) tratio=(all);
    unlink brlens=(all);
    
    mcmcp ngen=5000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 nruns=2 savebrlens=yes checkpoint=yes checkfreq=5000;
    mcmc;
    sumt conformat=Simple contype=Halfcompat relburnin=yes burninfrac=0.25;
    sump relburnin=yes burninfrac=0.25;
end;

我将Nexus 文件分为三部分方便处理。

第一部分是矩阵信息：

矩阵信息这可直接使用PhyloSuite（http://phylosuite.jushengwu.com/）生成的nex文件

BEGIN DATA;
dimensions ntax=37 nchar=2087;
format missing=?
datatype=PROTEIN gap= -;

matrix
.....
END;

第二部分是分区以及模型信息：

具体解释可以看参考的链接以及官方文档。
分区以及模型设置，直接使用PartitionFinder2生成结果复制
./analysis/schemes/start_scheme.txt#该文件为结果信息
复制MrBayes 部分的内容

MrBayes block for partition definitions
.........
begin mrbayes;
.........
end;

第三部分是分析运行设置：

    mcmcp ngen=5000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 nruns=2 savebrlens=yes checkpoint=yes checkfreq=5000;
    mcmc;
    sumt conformat=Simple contype=Halfcompat relburnin=yes burninfrac=0.25;
    sump relburnin=yes burninfrac=0.25;

#查看MrBayes参数
mb
help
#查看帮助
help mcmcp
#查看制定命令的信息帮助

代数相关设置：

• mcmcp用于设置链参数。

• mcmc开始马尔科夫链

• Ngen运行分析的代数

• Samplefreq确定链的采样频率；默认值每500代一次。

• Printfreq控制有关项目的简要信息打印到屏幕上的频率。默认1000

• Nruns=2，设置马尔科夫链的数量

• Nchains，默认是4

Nchains=1时没有“加热”链，当Nchains设置为大于1的值n时，则n−1条链是“加热”链。较大和困难的数据集建议3条以上“加热”链。

• Relburnin 确定是固定舍弃（relburnin=no）还是使用舍弃百分比（relburnin=yes）。

• sump统计取样参数，会生成一个表统计样本模型参数信息

• sumt统计树取样

会生成一个分支图（系统发育关系推断的树图）
conformat=simple生成一个简单的合意树可以被大多数软件解读。simple会生成两个树一个包含枝长和支持度，另一个只有枝长。
conformat=figtree则是只剩一个包含枝长和支持度的树，更适合figtree