环境配置笔记7-解决hdf5r安装时遇到的无数的坑

安装hdf5r包时报错：

checking for h5cc... no

checking for h5pcc... no

checking for HDF5 libraries... no

搜了一下，将hdf5/bin下的文件软连接到/usr/local/bin

for f in /usr/local/hdf5/bin/* ; do ln -s $f /usr/local/bin ; done \

总算能找到h5cc了，但还是报错：

libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory

查了下好像是LD_LIBRARY_PATH环境变量的问题

在~/.bashrc中修改无效，

于是尝试在R中修改：

a <- Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")

a <- paste0(a,':/usr/local/hdf5/lib/')              # 我的libhdf5_hl.so.100路径位置

Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH=a)

这样也不会修改全局的环境变量。

这样修改完后总算安装成功了，但如果在R中

library(hdf5r)

还是会报错：libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory

哭了，最后又搜了一下，使用以下方法成功解决

sudo vi /etc/ld.so.conf

# 给文件中添加一行：/usr/local/hdf5/lib

sudo ldconfig

再回到R中library(hdf5r)，成功解决！！！

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参考

https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/106537556

https://github.com/hhoeflin/hdf5r/issues/106

https://stackoverflow.com/questions/17723666/error-ld-so-object-ld-preload-cannot-be-preloaded-ignored