生信软件checkm安装指南

1.安装Anaconda或miniconda（此步骤可自行百度）

2.添加环境变量，新用户点yes，老用户点no，并输入命令

export PATH=/mnt/bai/yongxin/miniconda2/bin:$PATH

添加环境变量，以上变量目录仅供参考，（环境变量目录需根据用户自行变更）

3.换源

conda config --add channels defaults

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

# 添加清华镜像加速下载

site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda

conda config --add channels ${site}/pkgs/free/

conda config --add channels ${site}/pkgs/main/

conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/

conda config --add channels ${site}/pkgs/r/

conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/

conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/

conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/

conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/

4.创建环境,此处注意，因为checkm最新版本要求python3.x以上，故此创建3.6的环境，如果安装其他软件，请务必去github或软件官网查看python版本要求，避免软件无法使用，如需其他版本，可自行更改命令创建。

conda create -n 环境名 python3.6

5.激活环境（环境名可自行定义，最好为英文，我的环境名是checkm)

conda activate 环境名

6.下载软件 进入anaconda，搜索软件名checkm，查找到

bioconda / packages / checkm-genome

执行安装命令

conda install -c bioconda checkm-genome

或

conda install -c bioconda/label/cf201901 checkm-genome

ps：如果想安装其他软件，可按上述流程搜索软件名，在软件安装页面找到安装命令，并运行。

7.移动创建checkm目录

cd ~/

mkdir checkm

cd checkm

8.下载数据库文件并解压

curl -L -O https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/checkm_data_2015_01_16.tar.gz

tar xzf checkm_data_2015_01_16.tar.gz

9.设置数据库路径

checkm data setRoot 目录名

（如根据上述流程操作，则目录为/home/当前登录用户名/checkm）

10.运行测试

checkm test ~/checkm_test_results

如正常运行，则安装成功。每次运行 checkm都得先启用该环境，命令为

conda activate 环境名

然后输入

checkm

checkm安装就此结束，如有不足之处，还望大家多多指正。

参考：

https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/83105315?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522159532562319725250159782%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fblog.%2522%257D&request_id=159532562319725250159782&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~blog~first_rank_v2~rank_blog_v1-1-83105315.pc_v2_rank_blog_v1&utm_term=checkm&spm=1018.2118.3001.4187

https://www.jianshu.com/p/ea585a1728da

https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/81487039?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522159488136219195265952211%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fblog.%2522%257D&request_id=159488136219195265952211&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~blog~first_rank_v2~rank_blog_v1-6-81487039.pc_v2_rank_blog_v1&utm_term=checkm