Repeatmodeler安装 2021-12-15

安装前要先安装好依赖的软件！

1、RepeatMasker、TRF、RMblast

在正式安装RepeatModeler主程序之前，需要提前配置好其依赖的工具。

2、RECON

conda install RECON　　　　#自动配置在conda环境中?什么意思？
#最后也没有找到这个软件的所在位置，也不知道安装成功没有，看最后跑的时候再说吧。

3、RepeatScout

conda install RepeatScout
#已安装

4、可选软件，运行LTR结构搜索必须软件

LtrHarvest（是GenomeTools套件的一部分，安装genometools即可。这一步一直不太好用。）

 wget https://github.com/genometools/genometools/archive/v1.6.2.tar.gz
tar -zxvf genometools-1.6.2.tar.gz
cd genometools-1.6.2
make 64bit=yes threads=yes cairo=no -j4
#一直在报错
最后的

MAFFT

wget http://genometools.org/pub/genometools-1.6.1.tar.gz
tar -zxvf genometools-1.6.1.tar.gz
cd genometools-1.6.1
make threads=yes  #设置多线程模式
make prefix=/nfs_home/chenx/software/genometools-1.6.1 install
# 已安装
conda install -c bioconda mafft
#已安装

Ltr_retriever，解压即可使用

wget https://github.com/oushujun/LTR_retriever/archive/master.zip
unzip LTR_retriever-master
#已安装

cd-hit可以用conda安装

conda install -c bioconda cd-hit
#已安装

Ninja

wget https://github.com/TravisWheelerLab/NINJA/archive/master.zip
unzip master.zip && cd NINJA/
sudo make
#没有权限

5、RepeatModeler

可以用conda 安装

conda install RepeatModeler

也可用手动安装，比较麻烦。

cd RepeatModeler-2.0.2a
chmod -R 755 *
perl ./configure

报错，缺少prel的模块 URI 和 LWP::UserAgent

Screen Shot 2021-12-15 at 15.12.02.png

image.png

“perl ./configure”执行后，根据提示信息一步步来。

首先是perl环境，推荐使用/usr/bin环境下的perl，即系统perl，使用conda中的perl后面总出问题。回车继续。
RepeatModeler安装路径，默认自动指定安装路径，回车继续。
指定RepeatMasker的安装路径，回车继续。
指定RECON的安装路径，回车继续。
指定RepeatScout的安装路径，回车继续。
指定NSEG的安装路径，回车继续。
指定TRF的安装路径（这个同时也是RepeatMasker安装必需的），回车继续。

最后是序列搜索引擎（这个同时也是RepeatMasker安装必需的），例如我们这里选择2，指定RMBlast主程序所在路径，回车返回主界面后，再选择3，就完成了。
你也可以指定多种序列搜索引擎后，再选择3，不过实际运行时，一次只能选择一种序列比对方式。

这时会有提示：
这个版本的RepeatModeler可以检测LTR的结构，是否配置，可以根据需要自行选择。若需要就按y，然后根据提示选择路径完成配置。

image.png

这就完成RepeatModeler的安装。

终于把一些列的环境添加完了，最后配置环境变量。

#例如，我的RepeatModeler安装路径是在“/home/my/software/RepeatModeler-open-1.0.11”
export PATH=/home/my/software/RepeatModeler-2.0.1:$PATH
 
#这时候没啥问题的话应该可以看到帮助界面了
RepeatModeler -h![Screen Shot 2021-12-15 at 15.09.50.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/25957618-b671b9a0a322ff89.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)

参考原版
作者：东风008
链接：https://www.jianshu.com/p/bccdc3c68ace