/bin：此目录放置操作系统所需使用的各种命令程序。例如cp、ls、tar、ps等常用命令，还有各种不同的shell，如bash、tcsh等。
/boot：系统启动时必须读取的文件，包括系统核心文件。
/dev：保存着外围设备代号的文件。例如硬盘/dev/hda2等，这些文件比较特殊，实际它们都指向所代表的外围设备。
/etc：保存与系统设置、管理相关的文件。例如记录用户帐号名称的passwd文件、投影密码shadow文件都放在这里，X的配置文件、LILO配置文件lilo.conf也在此处。
/etc/rc.d：这个目录包含了启动或关机时所执行的脚本文件。
/etc/X11：X Window System配置文件的目录。
/home：此目录用来保存用户的专属目录。
/lib：保存一些共享的函数库。
/lib/modules：保存系统核心模块。某些可被模块化的部分，并不需要在编译系统核心时放入核心本体，避免本体过于庞大导致效率低落。
/lost+found：文件系统发生问题时，Linux会自动扫描磁盘驱动器，修正错误，倘若找到遗失或错误的片段，这些片段将被转成文件存放于此，等候管理员进一步处理。其性质类似Norton Utilities的DiskDoctor，把错误片段存成*.chk的文件。
/misc：是个空目录，供管理员堆放公共杂物。默认权限是全部用户都可以读取和执行文件，但是只有管理员能够写入文件。
/mnt：默认有/mnt/cdrom和/mnt/floppy两个目录在这里，使用内建的自动挂入程序，比如说GNOME提供的Drive Mount Apple或KDE桌面上的cdrom与floppy，系统会自动把光驱或软驱挂载到这两个目录。
/proc：系统核心和执行程序之间的信息，保存在内存的一个目录，包含用来提供有关系统信息的文件。比如说执行ps、free等命令时所看到的信息，就是从这里读取的。该目录内的文件并非真的存在，用户看到的只是虚拟文件。
/root：系统管理员专用的目录，亦即root帐号的专属目录。
/sbin：此目录存放启动系统时需执行的程序，例如fsck、init、lilo等。
/tmp：供全部用户暂时放置文件的目录。默认为所有用户都可以读取、写入和执行文件，因此对于普通用户来说，若临时觉得自己的磁盘空间不敷使用，便能暂时利用此目录存放文件。这里也是临时文件（temporary file）的目录，某些程序执行中产生的临时文件亦存在这个目录中。
/usr：此目录包括许多子目录，用来存放系统命令、程序等信息。
/usr/bin：放置用户可以执行的命令程序，如find、free、gcc等，还有mtools套件也保存在这里。
/usr/include：供C语言程序加载的头文件，根据性质而言，这个目录应该被归类在/usr/bin里。
/usr/lib：许多程序和子系统所需要的函数库都放在这里。
/usr/local：此目录提供用户放置自行安装的应用程序。
/usr/sbin：放置管理员使用的程序，例如crond、dhcpd和httpd等常驻服务程序。
/usr/share/doc：放置各种文件的目录。
/usr/share/man：放置多种链接帮助文件。
/usr/src：存放源代码的地方，Linux系统的源代码就放在这里。
/var：Linux操作系统执行时，需要暂时记录的部分数据或临时文件，都会放置在这个目录里。包括记载系统活动过程的日志（Log）文件、打印作业的队列文件、临时文件及系统执行程序的PID（Process ID，进程标识符）等。现在也可以将Apache网页目录与FTP目录等服务器的专用目录放在此处。
/var/tmp：前面介绍的/tmp目录除了放置所有用户暂时存放的文件之外，还供程序生成的临时文件使用，因此经常堆放许多文件，显得非常杂乱。管理员通常会定时清理/tmp目录，维护磁盘空间的整洁。假如不想将某些文件和/tmp目录中的文件混合，可以选择存放在这里。