学习:StatQuest-RNA-seq技术重复

概念

首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复,我们的RNA-seq的data产生差异是正常的,关于差异来自于几个方面:

  1. 生物学多样性,个体间差异,即便是同一物种(基因组相同),其转录本也未必都相同


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    对于gene X来说,不同的小鼠其表达量都不同


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    计算其平均值如上,其中μ是平均值
  2. 技术多样性,即便是对于同一物种,两次测定的结果都不相同


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    绿色箭头表示技术重复带来的影响
    此时均值计算如下(加上生物学重复效应和技术重复效应):


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    加上生物学重复和技术重复,假设生物学重复带来的效应都是一样的,那么我们只用考虑技术重复带来的效应
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所以在进行RNA-seq数据分析的时候,适当的设置生物学重复和技术重复以增强数据准确性

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