46期生信第五天-一加一等于几

生信学习---数据结构

前言（重要）

（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径 getwd()
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框^_
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
（8）数据类型（重点只有两个，向量和数据框）

向量

1. 向量和标量的区分
   向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
   标量：一个元素组成的变量
   向量：多个元素组成的变量

2. 常见命令
   x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
   x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数x
   x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
   x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

3. 从向量中提取元素
   根据元素位置的几个常见命令

• x[4] #x第4个元素
• x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
• x[2:4]#第2到4个元素
• x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
• x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

根据值的几个常见命令

• x[x==10]#等于10的元素
• x[x<0]
• x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框（即表格）

1.读取本地数据（表格必须在该文件夹下）
常用的命令read.table(file="huahua.txt",sep = "",header =T)

2.设置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

3.数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）

4.数据框变量的保存与重新加载
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

5.提取元素

• X[x,y]#第x行第y列
• X[x,]#第x行
• X[,y]#第y列
• X[y] #也是第y列
• X[a:b]#第a列到第b列
• X[c(a,b)]#第a列和第b列
• X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

6.直接使用数据框的变量

• 常规
  a <-data.frame(case=paste("S",1:50),values=runif(50))
  plot(avalues)

• 升级版1
  attach(a) plot(case,values)
  做完后将a删除出搜索环境 detach（a）
  局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。

• 升级版2
  with(a,{
  plot(case,values)
  x<<-summary(values) #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
  })
  x #运行完后打印x

问题

Q:save(X,file="test.RData")这句代码如果报错X not found，是为什么，应该怎么解决
打开表格，read.table

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