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TCGA barcode -- TCGA ID 中每段字符代表什么？

开门见山，直接上图


TCGA barcode

TCGA barcode 是TCGA项目中生物样本数据的主要标识符，接触过TCGA数据的人想必对这一串由数字、字母和短横线所组成的字符并不陌生，那么这一串数字的每一部分到底代表着什么呢？

接下来结合上下这两张图我们来看一下每一部分到底代表什么？

Creat barcode

TSS

样本机构来源，大学或其他研究组织，详见 Tissue Source Site Codes。

BCR

BCR Batch Codes (BCR: Biospecimen Core Resource)，有点像项目类型或者说癌症类型，一个编号对应一个项目类型的样本集。

Participant

项目参与者，指样本来源于该项目的哪个人，每个人都有唯一的编号，所以TCGA-xx-xxxx就是代表病人水平的ID。取任何字母数字值。

Sample

代表样本组织来源类型，肿瘤类型为01-09，正常类型为10-19，对照组为20-29。有关示例代码的完整列表，请参见 Sample type。

Vial

应该是把样原始本分成了若干份，每份也都有编号。取 A 到 Z。

Portion

100-120毫克样品份的顺序，额。。可能又把每份样本又分为几份吧，之后就用于具体的测序了。取01-99。

Analyte

分析物，是分析DNA还是RNA等，详见 Portion / Analyte Codes。

Plate

96孔板序列中板的顺序。取4位字母数字值

Center

将接收等分样品进行分析的测序或表征中心，详见 Center Codes

参考： TCGA Barcode、TCGA Code Tables

觉得有用的老铁麻烦点个小爱心~

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