【生信知识】---全网最佳方案下载SRA数据库文件！

前言：众所周知，NCBI对我朝的局域网不甚友好，对于国内的生信玩家来说，想要下载SRA数据库的.sra或者.fastq经常遇到网速问题，慢到你怀疑人生有木有！因此，我在这里摸索了一个目前看来最高效的方法，那就是。。。ascp+ENA数据库！

详解：
1.首先安装ascp
这个神器就不多介绍了，没有安装的同学先把ascp安装到自己的服务器上吧，推荐安装教程

www.bioinfo-scrounger.com/archives/171/

2.ENA数据库
ENA数据库，全称European Nucleotide Archive，是EBI提供用于存储核酸序列信息的综合数据库，相当于NCBI的SRA，而且两个数据库数据是交换共享的。
网址

www.ebi.ac.uk/ena

ENA数据库主页

3.下载示例
以SRR11637845为例，测序物种为Acinetobacter baumannii，然后在ENA数据库的右上角搜索栏中进行检索，如图：

检索SRR11637845

点击research按钮，进入检索结果界面，可以看到检索到两个结果，选择run结果，如图：

SRR11637845的检索结果

然后就进入了该run的详情界面，可以看到测序平台、研究项目编号、双端单端等信息，红框中就是测序reads的下载链接，如图：

SRR11637845的原始reads下载

右键单击，复制链接地址，然后粘贴出来观察一下：

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR116/045/SRR11637845/SRR11637845_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR116/045/SRR11637845/SRR11637845_2.fastq.gz

4.使用ascp进行下载

ascp -QT \#-Q用于自适应流量控制，磁盘限制所需;-T是取消加密，否则有时候数据下载不了
-l 300m \#-l设置最大传输速度，一般200m到500m，若不设置，反而速度会较低，可能有个较低的默认值
-P33001 \#-P用于SSH身份验证的TCP端口，一般是33001
-i /home/xxx/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \#-i是指定ascp的密钥位置，根据自己的安装目录设定
[email protected]:/vol1/fastq/SRR116/045/SRR11637845/SRR11637845_1.fastq.gz . #era-fasp是EBI在ascp服务器上的注册用户名，然后@fasp.sra.ebi.ac.uk表示ENA数据库的域名，.gz后面的.是指定下载到当前目录，否则ascp会报错

这个下载速度，没谁了

28.6Mb/s

总共用时不到1分钟！

43 seconds