windows下Ubuntu子系统安装lammps

1. 下载wsl子系统（Ubuntu），此前需要做到两步：一、系统设置开启开发者模式  二、控制面板 -> 程序 ->程序和功能 -> 启动或关闭windows功能 -> 勾选适用于 Linux 的 Windows 子系统  #可参考【Linux 运维系列】Windows 系统下开启 Ubuntu 子系统_windows ubuntu子系统-CSDN博客
2. fftw下载（提高计算速度）：wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz(子系统内输入）
3. Mpich（并行运算工具）下载 ：wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.3.2/mpich-3.3.2.tar.gz
4. 官网下载lammps安装包Download LAMMPS
5. 将lammps安装包通过子系统根目录下的mnt文件夹，复制到home/yl(你的用户名文件夹）
6. 解压 三个压缩包：tar -xvzf 文件名 （不用新建文件夹再解压，直接解压）
7. sudo apt-get update
8. sudo apt-get install build-essential （安装编译工具）
9. g++ --version
10. sudo apt-get install gfortran

到这里就做好了编译安装前的基本准备了，系统提示少了什么就安装什么

编译fftw

1、mkdir fftw---一会要往这个文件夹安装fftw

2、在fftw解压文件夹使用configure命令（检验安装条件是否都以满足）：

 ./configure --prefix=/home/yl/fftw       #注意把文件夹路径改成你自己的文件夹

3、在fftw解压文件夹下输入：

make（tip：make -j 核心数 可多cpu并行编译）

make install

编译mpich

1、mkdir mpich

2、在mpich压缩包解压出文件夹下configure命令（检验安装条件是否都以满足）：

 ./configure --prefix=/home/yl/mpich

可能的报错： you need to install a Fortran compiler such as gfortran or ifort before you can proceed.

解决 ：sudo apt-get install gfortran

继续报错：configure: error: The Fortran compiler gfortran will not compile files that call the same routine with arguments of different types .

解决：在当前shell中键入：

export PATH="~/work/x/bin:$PATH"

export FFLAGS="-w -fallow-argument-mismatch -O2"

3、在mpich解压文件夹下输入：make＋make install  进行编译

生成mpirun执行文件

4、给mpirun添加环境变量    vim ~/.bashrc

在 .bashrc文件最后一行加上

export PATH=/home/yl/mpich/bin:$PATH （把路径添加到path前面，在赋值给path）

保存并退出

source ~/.bashrc   （使环境变量生效）

5、which mpirun  核对mpirun路径是否正确，环境变量是否生效

安装lammps

1. cd lammps/src/MAKE/OPTIONS  打开Makefile.g++_mpich
2. 在MPI_INC、FFT_INC添加 -I/home/yl/mpich(fftw)/include                 
3. 在MPI_PATH、FFT_PATH添加 -I/home/yl/mpich（fftw）/lib
4. 
5. 在scr文件夹 make ps(查看有哪些安装包可以安装） (package search)
6. make yes-molecule (kspace/reaxff/manybody等所需要的包)(准备要编译的文件）

   make no-xxx就是删除自己不需要的包

     7.make -j 核数 g++_mpich  (编译刚刚添加进来的包）

8.配置环境变量

vi ~/.bashrc  export “可执行文件路径”

source ~/.bashrc      使得环境变量生效

Which 可执行文件名（验证路径是否正确）

任意文件夹输入lmp_g++_mpich，弹出lammps版本。说明

安装完成！！！！