在新结构不断产生、复杂性逐渐增加的过程中，自组织系统经常生成一定的层级或层次性。 人们一般会认为，一个大的系统中包含很多子系统，一些子系统又可以分解成更多、更小的子系统。例如，你体内的细胞是某个器官的一个子系统，而那个器官又是你身体这一有机系统中的一个子系统；而你自身又是一个家庭、一支球队或一个组织的一个子系统；而它们又是一个城镇或城市、国家的一个子系统，依此类推。系统和子系统的这种包含和生成关系，被称为层次性。 很多事物，如公司、军队、生态系统、经济体系、有机体等，都具有层次性。这并不是偶然的。如果各个子系统基本上能够维系自身，发挥一定的功能，并服务于一个更大系统的需求，而更大的系统负责调节并强化各个子系统的运作，那么就可以产生并保持相对稳定的、有适应力和效率的结构。如果没有类似关系，很难想象系统最终会演变成什么样子。
只有存在稳定的媒介形式，一些简单的系统才能进化成复杂的系统。这样形成的复杂系统，天然地就具有层次性。这或许可以解释为什么在自然系统中，层次性比比皆是。相对于其他各种可能的复杂形式，层次性结构是少数几种随时间而进化的结构之一。
层次性是系统的伟大发明，不只是因为它们使系统更加稳定和有适应力，而且因为它们减少了信息量，使得系统各部分更容易记录和跟进。 在具有层次性的系统中，各个子系统内部的联系要多于并强于子系统之间的联系。虽然每件事物都和其他事物存在联系，但不同联系的强度并不一样。
如果层级中每个层次内部和层次之间的信息连接设计合理的话，反馈延迟就会大大减小，没有哪个层次会产生信息过载。这样，系统的运作效率和适应力就得以提高。
在某种程度上，层级系统是可以被拆解的。由于各个子系统内部存在较为紧密的信息流，其自身也有一定功能，在被拆开之后，至少可以部分地像系统一样发挥作用。
同时，你要认识到，随着时间的推移，自组织系统可以演化出新的层次，改变整合的程度，因此，你要考虑的因素也需随之调整。
一般来说，层次是从最底层开始向上进化的，从局部发展到整体，从细胞发展到器官和有机体，个人发展到团队，单人作业发展到生产管理。早期的一些农民逐渐聚居起来，形成了自治的村镇，而村镇之间产生了贸易行为。生命起源于单细胞细菌，而不是一头大象。层次性原本的目的是帮助各个子系统更好地做好其工作，不幸的是，系统的层次越高或越低，越容易忘记这一目的。因此，很多系统因为层次的功能失调，而不能实现并预定的目标。
当某个子系统的目标而非整个系统的目标占了上风，并牺牲整个系统的运作成本去实现某个子系统的目标，我们将这样行为的结果称为“次优化”。 当然，与次优化同样有害的问题是太多的中央控制。如果大脑直接控制身体的每一个细胞，导致细胞不能自我维持其功能，整个有机体就会死亡。
要想让系统高效地运作，层次结构必须很好地平衡整体系统和各个子系统的福利、自由与责任。这意味着，既要有足够的中央控制，以有效地协调整体系统目标的实现，又要让各个子系统有足够的自主权，以维持子系统的活力、功能和自组织。
系统的层次性表明系统是自下而上进化的，上一层级的目的是服务于较低层级的目的的。
适应力、自组织和层次性是动态系统有效运作的三个原因。促进或精心管理系统的这三种特性，可以增强其长期保持有效运作的能力，保持稳定。但是，别忘了，系统运作也可能充满了意外……