据《思想史》观点，推动早期大学发展的四个探索领域是医学、法律、科学和数学。
某种程度上，大学的前身是公元前四世纪雅典的哲学学校，是3至6世纪繁盛一时的贝鲁特法学院，是成立于425年、断断续续持续到1453年的君士坦丁堡帝国大学。中世纪学者注意到了这些学院。艾伦·库班称，加洛林王朝时代出现了学术迁移的观念，这种观念认为学术中心已先后从雅典、罗马、君士坦丁堡转移到了巴黎。“在这种体制下，新兴大学也掌控基督教社会的三大权利之一——学校（studium）的体现，另两种全都是精神（神权）和世俗（主权）。”
现代术语“大学”的使用似乎是偶然的，来自拉丁语“Universitas”。但在12 13和14世纪，这个词用来“表示任何有共同利益和独立法律地位的人的集合或团体”，可以是手工业行会或是市政团体，通常有着装要求。直到14 、15世纪晚期，“大学”一词才有了现在的含义。但是，中世纪相应的术语是“大学校”（studium gentale）。“学校”指配有学习设施的学校，“大”指学校具有吸引外地学生的能力。这个术语在1237年首次使用，在1244年或1245年首次用于教皇文件，与罗马大学的建立有关。其他的术语还有“普通学校”（studium universale）、“正规学校”（studium solemne）和“公共学校”（studium commune），但到14世纪，博洛尼亚、巴黎、牛津、帕多瓦、那不勒斯、巴伦西亚和图卢兹均使用“大学校”。
12、13世纪之交，只有博洛尼亚，巴黎、牛津和萨勒诺在高级学科上提供连贯教学。
第一所帝国大学，事实上也是第一所有意而建的大学，是1224年由皇帝弗里德里希二世在那不勒斯创立的。第一所教皇大学，是1229年由格列高利九世授权在图卢兹建立的，部分原因是为了对抗异端思想。最早的大学出现在萨勒诺、博洛尼亚、巴黎和牛津。
不管怎样，11世纪，最早一批医学文献开始在萨勒诺出现，包括百科全书，草药医术学和妇科医学专注（包括托洛都拉在内的一些女性大夫都在此行医）。这些著作得以使用，主要归功于一位有阿拉伯血统的学者——非洲人君士坦丁，他在大约1077年定居萨勒诺，后来北迁到卡西诺山修道院继续从事翻译，直到1087年去世。《班贝格外科学》（约公元1150年）。书中记载了用含碘物质治疗甲状腺肿。
博罗尼亚大学的另外一项就是《惯例》，他是弗里德里希一世皇帝于1158年11月在隆卡格利亚颁布的学术法规。事实上《惯例》从此被奉为学术自由的开端，“就像《大宪章》成为英格兰自由不可或缺的参考点一样”。在《惯例》中，皇帝被看做上帝的使节或仆人，这一信条反映了君权神授，而不是以教会为媒介的思想。
如果教学与皇权的斗争是赋予博罗尼亚大学特殊性的一个因素，那么另一个因素就是经济因素。
在1193年成立学生公会，对抗禁止学者离开大学去往别处的法律。当时学生25岁，一些人将近30岁。他们的法律学习可能长达十年，由于享有俸禄，许多人很富有，学生选教师。所有老师必须吸引至少五名学生来上课。
随着其他大学纷纷创立，博洛尼亚大学发现，这种严格的体系正在失去吸引力，至少对教师而言。因此从13世纪晚期，它开始为教师支付薪酬，学生权利从此渐渐丧失。
巴黎大学校是仅次于博洛尼亚大学校的第二古老的大学校，它的不同之处在于它最主要的专业是神学。在巴黎大学，人文学科规模是最大的。
百年战争对巴黎大学打击沉重，国外学生大量流失。部分由于这一原因，其他地方纷纷创办大学，主要有西班牙、不列颠、德意志、荷兰和斯堪的纳维亚。
博洛尼亚大学的主要专业是法律，巴黎大学是逻辑学和神学，而牛津以数学和自然科学著称。
罗伯特·格罗斯泰斯特现在被视为牛津科学运动的关键人物（他将亚里斯多德研究定为必修阅读）。他于1235年至1253年担任林肯主教，也是牛津大学早期的一位校长。格罗斯泰斯特翻译（他懂希腊语、希伯来语和法语）和他对辛亚里斯多德思想的吸收促成了两个进步，两者都对中世纪的科学发展有着重大影响。
他们是：一是将数学作为描述和解释的方法应用于自然科学；二是强调观察和实验是测试既定假设的基本方法。“这些原则将科学数据研究从相当随意的操作转变为，对物理现象的整体数学探索，这种探索建立在观察、假设和实验证明这三者的循环上。”
格罗斯特之后就是罗杰·培根。他们两人并驾齐驱，都可称为史上第一批现代意义上的科学家。在牛津师从格罗斯泰斯特之后，培根到巴黎大学讲学，在那里，他和阿伯拉尔一样爱好争论。他相信，某一天科学知识能够使人驾驭自然。他还预测了潜水艇、汽车和飞机（和水上行走的装置）。和格罗斯泰斯特一样，他认为数学是自然隐藏的语言；光学，当时称为“透视”，能让我们一窥造物主的思想（他认为光线沿直线传播，速度有限，但是很快）。培根的思想无疑是一个进步，他介意宗教思想和现代科学思维方式之间。
在14世纪早期至1500年间，大学数量从大约15至20所增加至70所，不过德意志和西班牙落后于其他国家。
大体上，北欧的大学遵循巴黎大学模式，教师居主导，而欧洲南部大学遵循博洛尼亚大学模式，学生居主导。
中世纪的大学没有正式的入学要求。拉丁语水平足够听课即可。学生不需要为获得学位而参加笔试，但是在每个学期阶段都要接受考评。除了听课（上午进行），学生还必须参加每位老师在下午举行的一周一次的公开辩论。这些辩论分为两种：问题式，包括逻辑性问题；诘问式，与数学，自然科学，形而上学和四艺的其他领域有关。这些场合中最自由的是讽刺辩论。
牛津大学在1412年，昂热大学在1431年都规定图书馆内必须保持安静。