ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——介绍

在绘制热图过程中，我们可以常用的R包有heatmap、pheatmap，如果想要对现有的热图进行更多的注解，并展示出更多信息，这个时候就需要R的高级热图绘制包---ComplexHeatmap，这个包可以有效地可视化不同数据集源之间的关联并揭示潜在模式。并提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图，可以自定义注释图形。

安装

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ComplexHeatmap")

要查看系统中的帮助文档，可在R中输入:

browseVignettes("ComplexHeatmap")

1.1总体框架

单个热图由热图主体和热图组成。热图主体可以按行和列拆分。热图主要是标题、树状图、矩阵名称和热图注释组成，它们位于热图主体的四个侧面。热图分布根据热图主体重新排序或拆分。

热图列表是热图列表和热图注释的串联构成。围绕热图列表，有全局级别的标题和图例。

热图列表的一件重要事情是所有热图和注释的行都进行了调整，以便所有热图和注释中的同一行对应于相同的特征。

热图和注释（下面是列注释）也可以垂直排列。

热图列表也可以按行和列拆分。

ComplexHeatmap包是通过面向对象的方式实现。为了描述热图列表，有以下类别：

    Heatmap 类：包含热图主体、行/列名称、标题、树状图和行/列注释的单个热图。

    HeatmapList 类：热图和热图注释列表。

    HeatmapAnnotationclass：定义行注释和列注释的列表。热图注释可以是热图的组成部分，也可以作为热图独立存在。

还有几个内部类：

    SingleAnnotationclass：定义单行注解或列注解。该HeatmapAnnotation对象包含一个对象列表 SingleAnnotation。

    ColorMapping类：从值到颜色的映射。主矩阵和注释的颜色映射由ColorMapping类控制。

    AnnotationFunctionclass：构造用户定义的注释。这是创建用户定义的注释图形的基础。

ComplexHeatmap是在grid分面下实现的，因此需要了解基本的grid功能才能更好的使用该包。

参考链接：

https://github.com/jokergoo/ComplexHeatmap

https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/introduction.html