MPICH2安装使用简记
安装
1 到MPICH官方网站下载源代码包，解压缩
#tar -zxvf mpich2-1.0.8.tar.gz
2 进入mpich2解压目录
#cd mpich2-1.0.8
3 设置安装目录
#./configure --prefix=/usr/loca/mpich
4 编译
#make
5 安装
#make install
6 修改PATH环境变量
PATH="$PATH:/usr/local/mpich/bin"
7 测试环境变量设置
#which mpd
#which mpicc
#which mpiexec
#which mpirun
所有以上的命令都应该指向安装目录的bin子目录。此外，如果没有用NFS来共享安装目录，则需要将bin子目录拷贝到其他每台机器上。
8 修改/etc/mpd.conf文件，内容为secretword=myword
#vi /etc/mpd.conf
设置文件读取权限为只有自己能读写
#chmod 600 /etc/mpd.conf
非root用户在家目录创建内容相同的.mpd.conf
9 创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts
#vi mpd.hosts
文件内容如下：
station1
station3
station6
station8
使用
MPICH2采用mpd服务来对进程进行管理，使用mpiexec运行mpi程序。
MPD
启动单机上的mpd服务
# mpd &
查看mpd服务
# mpdtrace 查看主机名
或
#mpdtrace –l 查看主机名和端口号
关闭mpd进程管理
#mpdallexit
启动集群上的mpd服务
# mpdboot –n process-num –f mpd.hosts
启动 process-num个进程，mpd.hosts是前面创建的文件。
mpich2默认是使用ssh来登陆集群里的其他机器，也可以使用rsh来登陆集群里的其他机器来启动mpd服务
只要使用-rsh选项就可以指定用ssh或rsh
#mpdboot -rsh=rsh –n process-num –f hostfile
或#mpdboot -rsh=ssh –n process-num –f hostfile
关闭mpd服务
#mpdallexit
mpiexec
使用MPIEXEC来执行mpi任务
#mpiexec –np 3 ./cpi
或mpiexec –machinefile filename –np 4 ./cpi
在PBS任务管理系统中使用MPICH
只要将
sort -u $PBS_NODEFILE > mpd.hosts
mpdboot -f mpd.hosts -n $NNODES --rsh=/usr/bin/rsh
mpiexec -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NNODES $RUNJOB -i $WORK_AREA/$PREFILE/$PREFILE.in -dim 2 -n 100000 -d 10000 > $PREFILE.log
mpdallexit写入pbs的script中就可以了实际上包含了一个完整使用集群的过程，只不过是提交给了任务管理系统PBS而已。
MPD in the PBS environment
PBS specifies the machines allocated to a particular job in the file $PBS NODEFILE.
But the format used by PBS is different from that of MPD. Specifically, PBS
lists each node on a single line; if a node (n0) has two processors, it is listed
twice. MPD on the other hand uses an identifier (ncpus) to describe how
many processors a node has. So, if n0 has two processors, it is listed as n0:2.
One way to convert the node file to the MPD format is as follows:
sort $PBS NODEFILE | uniq -C | awk ’{ printf(”%s:%s”, $2, $1); }’ >
mpd.nodes
Once the PBS node file is converted, MPD can be normally started
within the PBS job script using mpdboot and torn down using mpdallexit.
mpdboot -f mpd.hosts -n [NUM NODES REQUESTED]
mpiexec -n [NUM PROCESSES] ./my test program
mpdallexit
一些问题
1. 我们的集群上有两套网络，一个是百兆的一个是千兆的，mpich2是采用什么那个一来进行信息交换的？