ggplot2箱式图两两比较_科学网—ggplot2：方差分析多重比较标注显著字母 - 周运来的博文...

赖江山老师在科学网分享了Francois Gillet编写的两个方差分析多重比较的函数 boxplert()和boxplerk()【来源Numerical Ecology with R (second Edition)】

我看了一下出图的部分是用boxplot函数绘制的，作为一个ggplot2的爱好者自己尝试着用ggplot2把函数boxplert()重新写了一下。在重写的过程中收获几个问题:X 轴如何按照给定的数据顺序而不是系统默认的编码顺序

显著性标签怎么加，关键是位置放在哪

绘图的颜色如何调整

在ggplot中加annotate的方法，位置与字体的设置

把ggplot2封装到函数里面合适吗？我觉得不写成函数会让出来的图更加易于调整，ggplot2 本来很灵活，写到函数里面反而限制了她的妖娆。

现在我们分别来测试一下，为了演示X轴的摆列顺序我把InsectSprays数据集写出来打乱里面本来按顺序的分组信息。rm(list=ls())

setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\boxplot")

library(agricolae)

library(stats)

data(InsectSprays)

# InsectSprays

# getwd()

# InsectSprays

InsectSprays

###

library(agricolae)

library(stats)

先看看之前的函数boxplert()出图的效果：# 检验方差分析假设

shapiro.test(resid(aov(InsectSprays$count ~ InsectSprays$spray)))

boxplert(

InsectSprays$count,

InsectSprays$spray,

ylab = "yield",

xlab = "virus",

bcol = "orange",

p.adj = "holm"

)

输出：$`comparison`

mean        se       sd min max  n group

A 16.666667 1.7936476 6.213378   9  26 12     a

B  2.083333 0.5701984 1.975225   0   7 12     b

C 15.333333 1.2329647 4.271115   7  21 12     a

D  3.500000 0.5000000 1.732051   1   6 12     b

E 14.500000 1.3623732 4.719399   7  23 12     a

F  4.916667 0.7225621 2.503028   2  12 12     b

$p.value

[1] 3.182584e-17

再看新函数ggl