lammps教程:单原子温度计算及输出方法

大家好,我是小马老师。
在lammps模拟中,可以使用thermo命令输出整个体系的温度。
但在有些时候可能需要输出每个原子的温度,并绘制温度云图,如下图所示:
单个原子的温度应该如何输出?温度云图又是如何绘制?
接下来将详细介绍但原子温度计算方法。
既然是输出单个原子的信息,必然要用到dump命令,但是默认情况下,lammps并没有提供单原子温度属性。
因此,需要根据动能和温度转换关系计算单个原子的速度,代码如下:

compute         KE   all ke/atom 
variable        KB   equal 8.625e-5 
variable        TEMP atom c_KE/1.5/${KB} 

每个原子的温度信息保存到变量TEMP中,接下来调用dump命令即可输出原子温度:

dump     1   all    custom 1000 cu.xyz  id  type x y z v_TEMP

下面给出一个具体案例,案例主要功能是生成了一个长方体Cu块,在Cu左侧区域持续输入热量,在Cu右侧区域持续抽取热量,模拟一段时间后,在Cu块中会形成一个温度梯度。
通过dump命令把原子温度保存到cu.xyz文件,导入到ovi

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