ZOJ 1027 Human Gene Functions(DP)

题目链接：http://acm.zju.edu.cn/onlinejudge/showProblem.do?problemCode=1027

设f[i][j]为基因1的前 i 个核苷酸与基因2的前 j 个核苷酸匹配所得的最高分数。

则 f[i][j]= max {

                          f[i-1][j-1]+ score[i][j],          //基因1的前 i-1 个核苷酸与基因2的前 j-1 个核苷酸匹配，score[i][j]为核苷酸 i 与核苷酸 j 匹配的得分

                          f[i-1][j]   + score[i][],           //基因1的前 i-1 个核苷酸与基因2的前 j 个核苷酸匹配，score[i][]为核苷酸 i 与 空格 匹配的得分

                          f[i][j-1]   + score[][j]           //基因1的前 i 个核苷酸与基因2的前 j-1 个核苷酸匹配，score[][j]为 空格 与核苷酸 j 匹配的得分

                      }

初始条件如下：

f[0][0]=0;

f[i][0]= score[1][]+score[2][]+score[3][]+...+score[i][] ;

f[i][0]= score[][1]+score[][2]+score[][3]+...+score[][i] ;

代码如下：

#include<iostream>

using namespace std;



int max(int x,int y)

{

    return x>y? x:y;

}



int f[101][101];



int main()

{

    int score[5][5]={

        {5,-1,-2,-1,-3},

        {-1,5,-3,-2,-4},

        {-2,-3,5,-2,-2},

        {-1,-2,-2,5,-1},

        {-3,-4,-2,-1,0}

    };

    int N;

    cin>>N;

    for(int i=1;i<=N;i++)

    {

        int len1,len2,gen1[101],gen2[101];

        char c;

        cin>>len1;

        int tmp=0;

        for(int j=1;j<=len1;j++)

        {

            cin>>c;

            if(c=='A')

                gen1[j]=0;

            else if(c=='C')

                gen1[j]=1;

            else if(c=='G')

                gen1[j]=2;

            else if(c=='T')

                gen1[j]=3;

            tmp+=score[gen1[j]][4];

            f[j][0]=tmp;

        }

        cin>>len2;

        tmp=0;

        for(int j=1;j<=len2;j++)

        {

            cin>>c;

            if(c=='A')

                gen2[j]=0;

            else if(c=='C')

                gen2[j]=1;

            else if(c=='G')

                gen2[j]=2;

            else if(c=='T')

                gen2[j]=3;

            tmp+=score[4][gen2[j]];

            f[0][j]=tmp;

        }

        //////////////////////////////////////////DP COMPUT

        f[0][0]=0;

        for(int i=1;i<=len1;i++)

        {

            for(int j=1;j<=len2;j++)

            {

                f[i][j]=f[i-1][j-1]+score[gen1[i]][gen2[j]];

                f[i][j]=max( f[i-1][j]+score[gen1[i]][4],f[i][j] );

                f[i][j]=max( f[i][j-1]+score[4][gen2[j]],f[i][j] );

                    

            }

        }

        cout<<f[len1][len2]<<endl;



    }

    return 0;

}

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